《X档案第2季》分集剧情介绍（1-25全集）大结局
本季始于X档案被终结，穆德与史考莉分别被派给不同的任务，但穆德仍时时注意任何有关X档案的案件，并常找史考莉帮忙。由于演员吉莲·安德森怀孕，制作人将剧情发展成斯卡琳被外星人绑架，消失了一集。当然，那时候吉莲·安德森去医院生产了。最终史考莉被秘密组织送回到一家医院，自此以后，X档案进入一新阶段。
这季主要仍围着不可解释的超自然现象及外星人打转，结束于穆德因过分接近真相而遭迫害，千里迢迢到新墨西哥寻找证据，却被特种部队袭击生死不明。
电视剧《X档案第2季》详细分集剧情介绍：
《X档案第2季》分集介绍：第1集 Little Green Men 绿色小人
X档案的调查被终止后，Scully探员回到调查局学院当讲师，而Mulder探员成为安全保卫人员。一位美国参议员Matheson在X档案问题上却支持Mulder探员。在他支持下， Mulder探员私自前往波多黎各。当地一所被废弃很久的地外生命研究所所属的基地莫名其妙的自我激活。
《X档案第2季》分集介绍：第2集 The Host 下水道惊魂
一具无名尸被海水冲进新泽西的下水管道里。Mulder探员的上司Skinner派遣他去调查这件案子。Mulder探员认为这件案子毫无意义，只是体力劳动而已。Skinner一定是在惩罚他不守纪律。但Skinner却认为，这个案件是一个真正的X案件。
《X档案第2季》分集介绍：第3集 Blood 恐惧
一个农牧业小城发生一连串的暴力谋杀案件，奇怪的是当地的很多电子设备也同时遭到破坏。Mulder探员认为有人通过电子设备影响人的潜意识，驱动他们去杀人。
《X档案第2季》分集介绍：第4集 Sleepless 无眠夜
Mulder探员很不情愿的接受了一个新的搭档，探员Alex Krycek。他们开始调查一些绿色贝雷帽部队战士在接受睡眠剥夺试验后纷纷死去的案件。
《X档案第2季》分集介绍：第5集 Duane Barry 奇异接触（上）
FBI前探员Duane Barry声称自己曾被外星人绑架，因此丢掉了工作。一股神秘力量吸引他回到当年的绑架地点，并带去一个替换他的人质。这个替换他的人质，就是Scully探员。