《X档案第4季》分集剧情介绍（1-24全集）大结局
继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。
今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
电视剧《X档案第4季》分集剧情介绍：
《X档案第4季》分集介绍：第1集 颠覆地球 HERRENVOLK
Smith带Mulder来到一片培育花粉的人工种植地，Mulder见到了还是小时候模样的Samantha，赏金杀手随后追到，带走了Smith。Scully发现每个人都利用接种的天花疫苗被编号了。
《X档案第4季》分集介绍：第2集 灵异照片 UNRUHE
一个会心灵照相术的人在残忍的绑架杀害妇女。他绑走了Scully。Mulder根据相片救出了Scully。
《X档案第4季》分集介绍：第3集 故乡 HOME
一个通过乱伦来保持血统纯正的家族，不惜以杀人来保护家族不被侵犯。
《X档案第4季》分集介绍：第4集 非洲邪灵 TELIKO
失落的非洲部落一名成员来到美国，他通过吸取他人身上的黑色素来维持身体的颜色存活。
《X档案第4季》分集介绍：第5集 前世今生 THE FIELD WHERE I DIED
FBI破获一邪教组织，Mulder觉得其中一女的前世是他的丈夫。他还去催眠想起好几个前世的身份。
《X档案第4季》分集介绍：第6集 整型专家 SANGUINARIUM
一个整形医生是个巫师，他渴望完美的外表，通过定期杀死特定生日的病人来完成换外表的仪式。
《X档案第4季》分集介绍：第7集癌人秘辛 MUSINGS OF A CIGARETTE SMOKING MAN
CSM成长的传奇经历。其实他想当个作家的。