《旗舰》分集介绍（1-34全集）大结局
黑暗的大海上没有一丝亮光，天上的星星也不见了，风浪开始涌来。郑远海叫姜喜子停下划桨，省下力气，准备更艰苦的时候到来，姜喜子检讨自己不该光顾高兴，没有精力集中的驾艇。这时，大雨倾盆而下，小艇在茫茫雨夜的大海上飘荡。
清晨，风力减小，梅杏儿乘坐的直升飞机与数驾直升机同时升空，朝大海飞去。陈敬国也驱车赶到基地作战室询问情况。
炽热的太阳照射着小艇，郑远海和姜喜子昏睡着，姜喜子要喝水，郑远海把有水声的水壶在他耳边摇了摇，告诉他要把水留在最困难的饿时候。
谢庭群把郑远海失踪的消息告诉给秀竹，无意间让许欣芳听见，她默默地看着墙上郑冀的遗像，盼着儿子能平安归来。
就在郑远海和姜喜子快奄奄一吸的时候，一架直升侦察机从他们头上呼啸而过。他们终于被发现，几艘舰艇朝他们开去。
《旗舰》分集介绍：第二十二集
经过治疗，郑远海基本康复，他向前来探望的南克江透露了八号海域礁石下可能有潜艇能通过的水道，勾起了南克江的探求欲望，他们两一起向基地起草了联合勘察的报告。
秦思婷探家回来，听说了郑远海的事，抑制不住自己的情感，朝病房跑去。
病房是空的，她默默看着窗外和南克江在一起的郑远海，松了一口气。
姜喜子还要住院观察，郑远海康复出院，他被任命为588护卫舰的舰长。
梅杏也心神不定的给病人看着病，由于一时疏忽，把一位急性阑尾炎当成了轻微肠痉挛来医治，致使病人穿孔，成为一起重大的责任医疗事故，面临开除的境地，这时，秦思婷站出来主动承担责任，梅杏儿感激秦思婷的姐妹情谊。她找到秦思婷，告诉她自己不爱郑远海，希望秦思婷去追郑远海，秦思婷将信将疑地看着梅杏儿。
为了秦思婷，梅杏儿违心向郑远海表示了自己只是把他当大哥哥，不想跟他谈恋爱，希望他能跟秦思婷好！使得郑远海目瞪口呆。
为了秦思婷，于季东心烦意乱，公司业务每况愈下，助手林雪找到梅杏儿，希望她去劝劝。梅杏儿来到于季东公司，建议两人一起出外旅游，到大山名川去，散散心，消除烦恼，于季东同意了梅杏儿的建议，于是两人一起离开了东江。
于季东在梅杏儿的陪同和开导下，忘掉了烦恼，懂得了人活着还有别的意思，同时他觉得梅杏儿善解人意，非常感谢她能陪他出来。
深夜，查完铺的郑远海心思重重地来到甲板上，政委过来，一眼看出了他的心思，他希望郑远海象出海训练一样，不要轻言放弃，郑远海默默地点点头。
《旗舰》分集介绍：第二十三集
梅杏儿假毕归来，在门诊值班，郑远海拿着病历在她身边坐下要求看病，梅杏儿急忙问怎么了，郑远海说是心病！梅杏儿明白过来，她劝他别这样，然后叫了下一个病人，郑远海无奈地离开。