《旗舰》分集介绍（1-34全集）大结局
郑远海和南克江都非常精明，双方展开了拉锯战。
梅杏儿和女护士相继晕船，姜喜子希望郑远海去探望一下，他提醒郑远海做为舰长应该对每个人的战斗力负责，而不是应为个人感情，郑远海来到了梅杏儿房间，默默地看着昏睡的梅杏儿，等郑远海出门后，梅杏儿睁开眼睛，流出眼泪，她克制着自己的情感，努力忘掉自己的所爱。
深夜，186舰接到基地报告，有一艘舰只利用暗夜向我领海线靠近，命令演习暂停，双方赶往八号海域实施警戒，郑远海建议闯过八号海域，提前接近那艘外舰，但陈建军不同意，通知郑远海演习已经结束了，他的指挥权已经收回。
天亮，补给船赶到，并通知海上将有大风浪，郑远海希望梅杏儿和女护士随补给船返回基地，被梅杏儿拒绝，她告诉郑远海自己也是军人，没有理由离开战位。郑远海生气的离去。
狂风大作，舰艇象一片树叶一样在大浪中上下起伏，很多战士被撞伤，梅杏儿勇敢地面对，她克服着虚脱的身体坚持给受伤战士抱扎撞伤，郑远海站在晃动的驾驶室里，沉着指挥着。
于季东带着秦思婷来到一艘所高级餐厅，将一辆停在窗外的宝马轿车的钥匙交到秦思婷手里，希望她接受自己的爱情，秦思婷心里挂念着与风浪搏斗的郑远海，她把钥匙退回给于季东，明确告诉他，自己的心上人是郑远海。
186回到军港，郑远海来看把自己关在屋里几天的于季东，当撞开门后，大醉的于季东狠狠地瞪着郑远海，告诉他，他们的兄弟关系已经没有了！
失去朋友的郑远海也喝多了，他敲开梅杏儿的门，抱住她，喃喃地叫着：梅杏儿我爱你---，梅杏儿吓得赶紧挣开跑掉，郑远海突然看见了屋里的秦思婷，两人都很尴尬的离开了梅杏儿的房间。
经鲁淮成批准，郑远海和姜喜子架着小艇离开186舰，朝八号海域礁石区驶去，他们将深入探测八号海域礁石区域的具体数据。
《旗舰》分集介绍：第二十一集
郑远海关掉发动机，用浆划行着，姜喜子仔细听着耳机进行着声纳探测。
他们不时地给深海区的186舰保持着联系，陈建军随时给基地作战室里的鲁淮成汇报着进展情况。
黑夜降临，探测完毕，他们惊讶地发现，这片水域礁石与海面的深度潜艇是无法通过的，一定在海下礁石底下有可供潜艇通过的通道。由于天色已晚，郑远海决定返航，他们带着发现八号“死亡”海域秘密的喜悦，架着小艇朝来路出发，突然小艇被涨潮后海水掩盖的礁石撞上，小艇倾斜地飞去，罗盘落水，螺旋桨被撞断，舱内漏水，无线电通讯短路，他们与186舰失掉了联系。
基地鲁淮成接到186的报告，立即下达命令，侦察雷达全部开机搜索，直升机大队紧急待命，做好天亮起飞的准备。梅杏儿等医护人员登上救护车朝机场飞驶而去。