《旗舰》分集介绍（1-34全集）大结局
结果陈建军大醉昏睡，郑远海果断地担负起指挥任务，基地发来指示，对海上标靶实施导弹攻击，目标自行搜索。雷达显示，夜海上除了有两艘渔船在航行外没有发现靶船出现，郑远海警惕地意识到，打靶戒严区不可能有渔船出现，一定那就是标靶，当郑远海紧急准备锁定两艘渔船实施导弹攻击时，传来基地停止攻击的命令。
所有各舰均未对活动的标靶实施攻击，鲁淮成严厉批评了各舰舰长，没有实战意识，只会打死靶，不能认清活靶，宣布所有舰艇均为烈士，特别是陈建军的庆功喝酒，被鲁淮成命令深刻检讨，听候处理。
陈建军误以为是郑远海的汇报，才使鲁淮成启动的深夜行动，由此两人矛盾加深。
郑远海陷入痛苦，当梅杏儿来电话希望一起看电影也被他拒绝，鲁淮成看出问题，他告戒郑远海派他到186舰与陈建军合作，主要是让他丰富经验，不能搞不团结。
于季东因为被秦思婷拒绝，一气之下开车狂奔，造成车祸，住进了医院，梅杏儿代替值班的秦思婷前去探望，深感于季东对秦思婷的深爱之情，当她再次劝慰秦思婷答应于季东时，秦思婷终于说出他心里是郑远海，梅杏儿呆住了。
《旗舰》分集介绍：第十九集
梅杏儿万万没想到自己心底相爱的人，也是秦思婷所爱的人，善良的她选择了回乡探亲，忍痛把时空留给亲如姐妹的秦思婷，她觉得自己欠她很多很多。
政委王宏业北京开会回来，带来了更新的大型驱逐舰188旗舰年底就要列装的喜讯，鲁淮成决定要提速培养年轻干部，他搞了个“希望工程”，对郑远海，南克江这样年轻有为的干部进行强化培训，使他们能迎接掌握更为高科技化的未来舰艇的到来。
这时，郑远海的母亲许欣芳胃炎住院，秦思婷为了不影响郑远海训练，她白天黑夜地扶持在许欣芳身边，使得许欣芳喜爱万分。当着探亲回来的梅杏儿大谈秦思婷的好，觉得与郑远海也般配，搞得梅杏儿很尴尬，她借故逃出病房。
为了检查集训效果，郑远海所在舰艇为Y方，与南克江所在的潜艇为S方进行对抗，他们分别的取代舰艇长职务，所在舰艇长为副长协助他们指挥。
梅杏儿和一个女护士奉命来到186舰上负责医疗保护工作。郑远海把副长房间腾出来，让给了她们。郑远海问梅杏儿为什么探亲也不告诉他一声，梅杏儿极力回避郑远海，郑远海不明白梅杏儿怎么突然对他冷淡，搞得郑远海不知所措，他希望基地更换医护员，被鲁淮成严厉的拒绝，郑远海只得命令姜喜子负责‘照顾’她们，不能让他看到梅杏儿。
海上对攻下来，双方不分上下，最后Y方只剩下郑远海的186，S方剩下南克江的086。
鲁淮成下令取消最后一天的演习预案，双方自由发挥，谁先击中对方，谁将获得胜利。
《旗舰》分集介绍：第二十集