《旗舰》分集介绍（1-34全集）大结局
晚上，于季东将梅杏儿约出来，将一束红色的玫瑰送给梅杏儿，向她表达了心意，他觉得这次跟梅杏儿出去，才发现她才是自己要找的最合适的人，梅杏儿惊呆了。
于季东满面春风的回到了公司，他打电话把所有朋友召集到了军迷吧，当着郑远海，秦思婷，梅杏儿，谢庭群等宣布，他已经找到了最爱，这个人就是梅杏儿。所有在场的人都震惊，郑远海追上梅杏儿问这是怎么回事，梅杏儿为了秦思婷，为了让郑远海死心，她流着泪默认了于季东的话！
按基地布置，郑远海率领588护卫舰，陈建军率领186驱逐舰在海上实施单舰对抗演练。郑远海心事重重，情绪沮丧，几次贻误战机，让陈建军枪得先机，三战三败，受到了鲁淮成的电话批评。郑远海终于理智的醒来，他重新部署了进攻路线，利用陈建军三战三捷的大意心理，当186舰打开雷达搜索目标时，接收到的是郑远海588舰的攻击信号。
陈敬国嘲笑陈建军，全舰队最好的导弹驱逐舰竟然输给了一艘护卫舰，陈建军表面不以为然，但心里感到了郑远海给他争当新驱舰长的挑战和压力。
南克江接受了指挥挑战深潜极限的长航任务，他意识到这次出海危险性，他来到军迷吧找秀竹，但秀竹不在，他让马一凡转告秀竹说，自己没有一天忘记过她，然后匆匆离去，谢庭群展开了追求秀竹的最后一搏，他拿着报纸包着的纱巾送给了刚刚回来的秀竹。
南克江的潜艇出发了，秀竹突然发现了包纱巾的报纸上刊登着南克江救女青年的事迹，真相终于大白，秀竹朝潜艇码头跑去，可是潜艇已经远去。
《旗舰》分集介绍：第二十四集
潜艇在300米的水下开始了长期航行的演练，水兵们从兴奋期，到烦躁期，再到最后的呆滞期，挑战着人的生理极限。
南克江的潜艇在水下克服了重重困难深潜了90天，郑秀竹在岸边默默为他祈祷等待了90天。
潜艇终于完成我军潜艇的有史以来最长的长航，也挑战了外军长航时间，当南克江撑着疲惫的身躯登出潜艇时，迎接他的是秀竹的深情拥抱，两个人终于揭开误会，和好如初。
谢庭群在爱情上失败了，他不甘心就这样输给南克江，当基地将南克江提任艇长的报告上报舰队时，他再次假传圣旨，给压了下来。鲁淮成坚决抵制舰队派来的关系干部，坚持南克江代理艇长的职务，一直带到正式任命到达为止。
在精选未来旗舰舰长问题上，鲁淮成别出心裁搞了个心理测试，叫秦思婷专程到中国科学院搞来一套心理测试的教材，对所有候选人进行室外高台上，边行进边回答问题，由此淘汰了一批候选人，最后只剩下陈建军和郑远海两人，他们经过较量，最终打成平手。
《旗舰》分集介绍：第二十五集
梅得贵想娶个媳妇，但需要给媒人一些钱，为此他来到东江，想找梅杏儿要钱，但又不好意思开口，为了给自己壮胆，他喝了很多酒，当见到梅杏儿时，自己已经呼呼睡去，梅杏儿将父亲扶到床上，突然听到梅得贵说的胡话，他嘟囔着说梅杏儿不是检来的，是亲生的，这引起了梅杏儿的疑惑，她看着自己的照片，觉得自己与父亲长的太不象了。