天草对剑心说：“我的生命何时结束由我来决定，我已决定带领他们殉教，以告慰无数受迫害的天主教徒的亡魂，我知道你想以剑救人，来祢补因杀人无数而受伤的心，你我之间只有一个办法可以知道谁是谁非……”

　　两人的剑几乎同时出鞘。

　　“飞天御剑流－－天翔龙闪。”

　　“飞天御剑流－－雷龙闪。”

　　终于，天草倒下了，剑心也重见光明，善良的百姓们看见天草身负重伤，纷纷落泪并祈求上天保佑天草平安，天草深受感动，那颗嫉世的冰冷的心也开始慢慢解冻……。

　　天草长伍和村民们被捕入狱，政府打算流放村民并处决天草，在剑心和艾司登先生的极力劝阻并以利害关系相陈之后，政府官员经过协商，决定将他们驱逐出境，艾司登决定派船接他们去荷兰，那里是天主教徒的天堂，他们会在那里开始新的生活，而艾司登亦得以完成玛莉娜小姐的嘱托。临行前，神谷熏去监狱探望天草，并将佐之助交给她的玛莉娜的那封遗书给天草看，谈话间，阿熏深深体会到他失去最心爱的人的痛苦，也觉察到他内心的善良，而天草也决定不再用剑，而是用一颗炽热的心去保护身边的人。

　　佐之助来到玛莉娜的墓前，又陷入痛苦的追忆中，后来他遇见庄三（竟然还没死），佐之助又为自己未能实践保护玛莉娜的诺言而内疚，不过两人都为玛莉娜能最终达成遗愿而欣慰。

　　最后，剑心，阿熏，佐之助等与天草和村民们在码头一一道别，并目送他们踏上新的旅程。 　神谷道场门下又多了一个弟子，那就是由太郎。他自幼父母双亡，与一位德国的医学博士亨仕相依为命，博士待他像亲身儿子一样，而由太郎亦下决心要刻苦钻研医学，救助有需要的人。

　　但有一天，博士却把由太郎带到东京，刚到步，由太郎便弄伤了手腕，博士两下工夫就把伤口包扎好，更令由太郎佩服不已，然后，博士带由太郎到神谷道场，希望由太郎能寄居一段时间，自己要去办点事，由太郎顺理成章地成为了阿熏的二弟子，他和弥彦立刻成为小冤家，争吵不休，道场顿时热闹非凡，唯独剑心觉得博士的神情有些异样。恰逢元宵节，众人去看焰火，而博士也带由太郎回去了，剑心不大放心，于是尾随两人，果然，途中数名德国皇家警备团的剑客，剑上有特殊辉章，拦住去路，要博士将什么圣药的秘药的配方交出来，博士不丛，众剑客打伤博士，并在他身上拿走了一张纸，由太郎见博士倒地，不顾一切要和众剑客同归于尽，剑心见事态严重，出手相助。那些剑客个个身手不凡，几个回合后，他们见目的已达到，便撤退了。剑客们后来开庆祝会庆祝行动成功，不料一名神秘的女忍者忽然出现，要求他们交出配方，双方剑拔弩张……一场暴风雨即将来临。

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