《魔法禁书目录》分集剧情简介第1-24全集大结局
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第3集 必要之恶教会-Necessarius-
茵蒂克丝发动「自动书记」，使上条勉强逃离险境。再度陷入昏迷的茵蒂克丝，需要以魔术来治疗伤势，然而经过开发而得到超能力的人要是使用魔术，似乎就会全身出血而死，因此上条前往月咏小萌的公寓，想请这位没有超能力的导师帮忙。上条右手拥有的能力，甚至连治疗茵蒂克丝的回复魔术都会消除，所以上条只能在小萌的公寓外面待命，他也因为自己帮不上忙而感到愤怒。就这样，茵蒂克丝藉由小萌成巨洏峖^复魔术，并且开始述说自己正在面对的问题——包括正在追捕她的魔术结社，以及自己所拥有的魔道书。
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第4集 完全记忆能力
追捕茵蒂克丝的魔术师，并不是只有史提尔而已。手持长刀的女性魔法师神裂火织，以高超的剑技压制住上条。神裂希望在杀掉上条之前就能将茵蒂克丝带回「保护」，虽然伤痕累累的上条依然拼命反抗，然而面对神裂使用的魔术「七闪」，也只能束手无策倒地不起。在意识逐渐朦胧的时候，上条询问神裂没有对他下杀手的理由，并且提出种种的疑问。就在上条缓缓闭上眼睛的时候，神裂说出了惊人的真相。茵蒂克丝所背负的奇特命运，以及"完全记忆能力"带来的悲剧为何？
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第5集 十二时-Limit-
由於脑中存放著十万三千本魔道书的内容，因此茵蒂克丝能使用的脑容量只有平常人的十五%。因为拥有完全记忆能力，要是没有每年消除记忆就会死亡。得知这个事实的上条，收到了神裂的连络。时限是凌晨零时，茵蒂克丝过了这个期限就会死，因此神裂要上条在时限之前与茵蒂克丝道别。
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第6集 幻想杀手-Imagine Breaker-
茵蒂克丝必须每年消除记忆的原因，并不是因为完全记忆能力压迫她的脑部，也不是因为她记住十万三千本魔道书的内容。依循著一丝格格不入的感觉，上条终于发现真相，并且以右手的「幻想杀手」，破坏了教会施加在茵蒂克丝脑部的某种「机关」。
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第7集 三泽塾-科学崇拜-
基于某些原因，上条带著茵蒂克丝及两名同班同学前往速食店。由于店里客满，他们只好与别人共桌，与他们共桌的则是一名自称「魔法师」的巫女。身上的钱不够搭电车的她，後来与身穿西装的补习班老师们离去。经过这次奇妙的邂逅之后，史提尔．马格努斯出现在上条的面前。
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第8集 黄金炼成-Ars Magna-
被囚禁於三泽塾的少女名为姬神秋沙，她正是上条在速食店遇见的少女。与史提尔入侵三泽塾之後，上条看见一具身穿铠甲的屍体——罗马正教十三骑士团的遗骸，然而学生们丝毫不以为意。史提尔表示这就像是硬币的表里，因为结界的关系，位於硬币表面的学生们，不会察觉到位於硬币背面的外敌，而且如果要破坏结界，就必须破坏魔法的「核心」。