《魔法禁书目录》分集剧情简介第1-24全集大结局
布束砥信
死鱼眼的天才少女，于超电漫画登场，擅长心理战术。绝对能力者进化计划的核心研究员之一，御坂妹妹“学习装置”的设计者。在得知美琴破坏实验场所之后良心发现，企图往实验中枢植入病毒销毁数据以中止实验，但被暗部之一的Item阻止，之后去向不明。
御坂网络
御坂妹妹也称为妹妹们（妹达（シスターズ））
御坂美琴的克隆人。为了让一方通行进化到LV6所制造出来。 一开始有20000(+1)名，从00001号到10031号都因为Sisters的实验而被一方通行杀死。所有妹妹的脑波彼此连线，构成“御坂网络”，可以互相联系。此外，御坂美琴第一次见到的是御坂9982号。上条当麻在妹妹事件中至始至终见到的都是御坂10032号。
最后之作/最终信号/打ち止め（Last Order）
在御坂妹妹中的地位最高，是御坂网络的上位。检体编号20001为了防止妹妹们反叛、爆走而被制作出来。身体调整尚未完成，原本不该离开培养器，却因各种原因流落街头而遇见了一方通行。外观是10岁左右的小女孩。第一次登场只包着一条脏毛巾。平时常和一方通行斗嘴。第十三卷中，再一次通过学习装置启用了未完成的人工天界 。据称和妹妹们不同，具有LEVEL3强能力。
番外个体（ミサカワースト）
第三次制造计划(Third Season)检体编号00000为了抹杀一方通行制造出来的美琴复制人，是所有妹妹们的邪恶的结合体，能力为Lv4的发电能力。20卷中被一方打败。21卷与一方联手。
动画片《魔法禁书目录》分集标题介绍：
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第1集 学园都市
这是一座占据东京西方大部分区域的巨大都市。由於230万居民之中有八成是学生，因此这里被称为『学园都市』，而且居住在这里的学生们，必须接受开发超能力的特殊教育。学园都市的某名高中生上条当麻，被判定为及格边缘的无能力者（LV0），因为他的右手拥有「消除所有异能之力」的神秘力量。而且右手的这种力量，甚至将他身上的「神的守护」一并消除，使得他总是过著不幸的人生。在暑假的某一天，一名纯白的修女从天而降来到上条的房间，这名少女表示，她是从「魔术」的世界逃离出来的人。
《魔法禁书目录》剧情分集介绍：第2集 猎杀魔女之王-Innocentius-
为了参加暑修，总之上条先把神秘修女藏在自己的房间。然而在他回家之後，却发现茵蒂克丝躺在血泊中。这是追捕她的魔术师下的手。红发，眼睛下方有条码，身穿漆黑的修道服。自称史提尔．马格努斯的这名高瘦青年，忽然朝著上条咏唱符文魔术……！遭遇火焰魔人「猎杀魔女之王」的袭击，上条陷入九死一生的危机，然而应该昏迷不醒的茵蒂克丝，却张开眼睛开始说出神秘的话语。