《旗舰》分集介绍（1-34全集）大结局
郑远海后来才弄清，这个小姑娘叫梅杏儿，在县成上高中，放假回来帮她爹放羊，顺便复习功课，准备明年的高考，那个小伙子叫柱子，她爹为了供她上学，找柱子家借了钱，并承诺把梅杏儿将来嫁给柱子。郑远海惊讶地看着梅杏儿，告诉她这事要自己做主。并劝她报考军校，这样很多费用可以国家负担。梅杏儿感激地看着这个解放军大哥。
基地为了考核陈建军，专门安排他以舰长身份指挥一次实弹演习，谢庭群为了巴结陈建军，从基地作战处的一个老乡处打听到了标靶的位置，悄悄地告诉了他，结果陈建军准确无误地击中目标。但最后陈建军诚实地告诉了鲁淮成，自己这次打靶算作弊，请求处分。鲁淮成其实心中有数，就看陈建军能不能自己承认错误，现在他不但没有给他处分，而且同意送他到舰艇学院参加舰副长班的学习。
郑远海很好地完成野外护线任务，当鲁淮成来接他们的时候，看见了送行的梅杏儿，他仿佛看见了自己丢失了十多年的女儿。
《旗舰》分集介绍：第五集
鲁淮成给陈建军下达命令，在上学之前，完成对海风导弹的自动化指挥控制系统。陈建军觉得自己解决这个问题难度太大，他想到了大学生郑远海，于是，郑远海兴奋地来到了自己朝思慕想的舰艇上。
心胸狭窄的谢庭群对陈建军请来郑远海，只让自己负责郑远海生活，而心怀醋意。几天下来郑远海出色的完成了控制系统的数据计算，陈建军对他大加赞赏，并答应他跟舰实施海风导弹的实弹射击。在郑远海准确的数据提供下，海风导弹试射成功。
生意做得不错的于季东来到东江，说是来谈合同，顺便看看老同学，实际上是想见见秦思婷，三个同学自分手后再次聚到了一起，喜欢秦思婷的于季东劝她复员和自己一起办公司，郑远海则劝她不要离开部队，希望她报考军校。
鲁淮成暗暗地喜欢着郑远海，他没有让郑远海看出自己已经知道他是去世老战友的儿子。他开始了对郑远海培养的第三阶段，命令他读书几个月，报考舰艇学院的研究生，考不上永远不许上舰。郑远海无奈地离开自己刚刚登上的舰艇，回到了陆地宿舍，开始了枯燥，单调的复习生活。
苦尽甘来，郑远海终于以优异的成绩考取了舰艇学院的研究生。
心仪郑远海的秦思婷也追随着他，报考了军医大学，他们又相聚到了一个城市。
梅杏儿受到当年郑远海的鼓励，也报考了军医大学，父亲梅得贵得意地和柱子把她送到了省城，正好和秦思婷分到一个班，秦思婷是她的班长。
《旗舰》分集介绍：第六集
舰艇学院读研究生的郑远海，在一次海上测量课时，为了使水上测量数据更为准确，擅自将测量艇开出教学规定的范围以外，结果与一条渔船相撞，致使渔船撞翻，渔民落水手臂骨折。
学院对郑远海提出停课检查，听候处理的决定，郑远海悔恨自己的冒失，他来到医院探望受伤渔民，但被赶出了病房，他无奈地在一个餐厅独自喝酒，寻来的秦思婷发现了他。严厉制止了郑远海借酒消愁的行为。