《神医将军》分集剧情介绍（1-33全集）大结局
银杏知道自己错怪了侯七，与他冰释前嫌。侯七跟银杏表白，银杏内心欢喜，但是还是不敢答应侯七的求爱。
拿下金水城之后，赵化民希望王怀远等带着虎旗军尽快撤出城，但是王怀远坚决不答应，结果土匪出身的虎旗军，出了很多问题，先是跟游击队抢战利品，然后买东西不用当地认可的钱，强抢民女，讹诈商户等严重违纪现象，王怀远深表心痛，亲手杀了奸污民女的兄弟，然后自责的将自己吊起，以示军纪。
《神医将军》分集剧情介绍：第二十七集
王怀远带着虎旗军离开了金水城，在赵化民的劝慰下，耐下心慢慢的改造虎旗军。虎旗军正式加入到游击队，与原卧龙山游击队组成卧龙山游击支队。但是一直都存在着矛盾，虎旗军的懒散，易怒，无组织无纪律等，都让游击队的人看不惯。侯七等人也自视武艺高强看不上游击队。
国共合作期间，宋文清也暗度陈仓，偷袭出来寻找食物的谷子跟大片刀等人，还抢了虎旗军的战利品。王怀远非常气愤，不顾田麦穗和赵化民的反对，执意进攻了宋文清的队伍，宋文清跑掉了大片刀杀了一位国民党副团长。战斗中，虎旗军俘虏了王涌泉，王怀远看到儿子跟了敌人，异常气愤又难过，但是又无可奈何，众人都劝王涌泉回头，但是王涌泉已经认定要跟着宋文清说国军才是正规军，侯七不忍王涌泉受罪，偷偷的放了王涌泉。
虎旗军跟游击队因为这次偷袭彻底闹翻，他也不满上级对他的处分，带着虎旗军独自离开了。而马上，赵化民就得到消息，佐藤俊二已经开始了疯狂的扫荡，主要的目标就是王怀远的虎旗军。佐藤俊二跟田德贵要围攻王怀远跟虎旗军，把虎旗军围困在断虎峡，刁四去找宋文清，让他从后面断了王怀远的后路，宋文清答应。
王怀远带着队伍赶路，田麦穗不放心王怀远，一路追来，希望劝回他们，但是王怀远执意不回，因为不熟悉地形，侯七找来一个当地老乡当向导，殊不知这个老乡就是田德贵派去的特务，特务将虎旗军引入断虎峡，谷子与丁五接头带消息赶来，王怀远才猛然醒悟，让田麦穗跟谷子前往小刘庄保护伤员跟家眷，虎旗军在断虎峡跟田德贵苦战，派侯七向国民党军队请求援助。
刁四带人到小刘庄抓虎旗军的伤员跟家眷，长大牙带着银杏跟小芹菜逃走时，刁四已经围住村子，众人暂时躲在地窖内，但是刁四为了逼出他们，残忍的杀害村民，强奸妇女，还杀死了小芹菜的爹张疙瘩。
《神医将军》分集介绍：第二十八集
常大牙不甘忍辱偷生，挺身而出，英勇牺牲。刁四残忍的杀害了不肯供出游击队的乡亲们。
侯七在不但没有请来国民党部队的援兵，还碰了一鼻子灰，回去的路上碰见了赵化民，告知了虎旗军的危险处境。
虎旗军被围困在断虎峡，没粮没水，赵化民带着游击队在断崖顶上下绳索，救出王怀远跟虎旗军，王怀远非常感激。同时，认清了国民党跟共产党的不同，安心归附共产党抗日。收编为鲁南军区卧龙山军分区独立大队，王怀远任二大队长，但是他极其不满居功自傲的一大队长廖廷荣，几次与他起冲突。侯七、虫草和大片刀极为厌恶廖廷荣，也不满游击队艰苦的伙食，想要杀了廖的狼狗吃，王怀远虽然知道，但是没有制止。