当异生兽再度出现的时候，新的奥特曼出现了。

千树怜篇（格调开始转为明朗）：

姬矢准消失后，异生兽依然继续出现，这时一个蓝色的奈克赛斯站立于众人眼前。 战斗过后，孤门在附近一带搜查时，发现一个可疑的少年，于是便跟踪他。从伤势上，孤门可以肯定这少年便是适能者。孤门道明来意后，与少年千树怜成为了好友，并承诺会保守秘密。

TLT亦对千树怜起了疑心，派出MP的野野宫瑞生跟踪怜。不过瑞生不但跟踪失败，还与怜成为了朋友，甚至开始爱上了他。 在孤门和瑞生追查下，发现怜与一个名为「普罗米修斯之子计划」有关。在说明者的说明下得知这是一个优质因子婴儿的培育计划，怜是从美国逃出来的。

在终焉之地之战后失踪的沟吕木真也再现于人前，但却失去了记忆。他更与一个父母被他间接杀害的小女孩为伴。 后来沟吕木被TLT捉拿了，在囚室间他恢复了记忆，更得知自己只是黑幕的傀儡，沟吕木决心在死前与那女孩再见面，于是胁持瑞生离开。在同一时间，黑暗梅菲斯托的力量已与MP的三泽广之结合。

孤门和西条在追捕沟吕木真也时，三泽突然变身成黑暗梅菲斯托II攻击众人，幸好怜及时变身成奈克赛斯阻止了黑暗梅菲斯托II，不过却陷入苦战。回复人性的沟吕木利用自己的意志和光再次变身成梅菲斯托，沟吕木舍命把黑暗梅菲斯特II固定，奈克赛斯只好无奈把两人一同消灭，沟吕木最终死在了西条的怀里。

最终篇

作为「普罗米修斯之子计划」的失败作，怜的身体日渐衰弱，但这次的异生兽却有展开领域的能力，使奈克赛斯不能展开「美塔领域」，迫于无奈在真实世界作战。梅格福拉什及伽鲁贝洛斯都被打败后，「未知之手」只好利用过去所有异生兽合成强力异生兽依组麦鲁，怜亦只好冒死出战。奈克赛斯一直陷于苦战，在危急关头下，幸得预知者鼓励，令奈克赛斯再次站起来并打败依组麦鲁。事后怜已疲倦得倒下，幸好补完药物「拉斐尔」及时完成，怜才得以续命。

怜之后，下一个适能者竟是西条副队长，同时石堀队员亦露出了真面目。原来石堀队员正是黑暗扎基，而杀死西条的父母、沟吕木变成黑暗梅菲斯托都是他一手安排，目的是令西条心中充满仇恨。当西条变成奈克赛斯时，立即被忘川侵蚀，黑暗扎基因此得到解放，而且因着西条心中充满仇恨变得更强。

孤门奋不顾身地进入忘川救回西条，而光之纽带亦于同时降临到了孤门身上。孤门联想起姬矢和怜的变身，大喊一声奈克赛斯便立即变身。不过孤门仍不是扎基的对手，完全被对手牵制着。这时突然姬矢、怜出现于孤门的脑海中，奈克赛斯立即变成了红色青年形态反击，之后孤门又变成了蓝色青年形态战斗，就在那时，人群突然想起当年的新宿事件，他们都纷纷为奈克赛斯打气。在人们的鼓励下，孤门终于解放出「第一来访者」的力量，变成了诺亚•奥特曼。诺亚以压倒性的力量把扎基轰到太空，更以闪电•诺亚把扎基消灭。 事后虽然异生兽仍继续出现，但是TLT已把灾害降至最低，并且放弃替目击者洗脑的做法，每人都怀着希望为明天而战。NEXUS，那是被继承着的光的纽带。

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