情况紧迫之下，研究所所长（弘的父亲）作出了重大的抉择。为了避免Messiah现象（感染病毒后电脑程式的成长、扩散）借由互联网扩散，蔓延到全世界，决定使用物质传输装置将整栋建筑物转移到亚空间，并嘱托部下黑木猛（后为特命部的司令官）要将病毒程式shut down。然而，虽然能暂时的渡过危机，但Messiah现象总有一天会从亚空间穿梭回来。同时，困在研究室里的人员（弘和阳子的父母亲也在其中）也因此生死未卜。（第四集中司令官说亚空间里不可能有幸存者了）

　　所长想解救身在研究所里的弘(7岁）、龙次（15岁）和阳子(3岁）。他为避免他们遭受波及，在这三个孩子以及三台工程机器人体内植入能抵抗病毒（meta-virus）的疫苗程式，在研究所将被转移到亚空间前的千钧一发之际将其送出研究所外。由于疫苗程式的关系，三个孩子熬过普通人无法负荷的物质传送过程，同时得到了特殊的超力量，背负著长大后必须成为Go Busters的特殊任务，却也同时背负著如同电脑般麻烦的副作用与弱点。三台工程机器人也有了属于自身的意识，成为“Buddyroid”，也成为三位Go Busters的得力伙伴。

动画片《特命战队Go Busters》分集剧情介绍：

特命战队Go Busters分集介绍：第1集剧情

　　13年前Messiah毁灭了日本到了新西历2012年，人们正直复兴时期。但Messiah又再次袭来。特命部成员岩崎龙司和宇佐见阳子开始第一次重大的任务！

特命战队Go Busters分集介绍：第2集剧情

　　Messiah被消灭后，阳子有些看不爽弘，因为他和姐姐同居认为他没有气质。而这时Enter再次偷能源，三人再次变身……

特命战队Go Busters分集介绍：第3集剧情

　　Enter潜入医院制造了Messiah，弘、龙司和阳子奉命去调查，他们在医院发现了被控制的人们，龙司为了和巨大化Messiah战斗请求指挥官出动GT-02，而弘和阳子会和解吗？

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