一方通行将猎犬部队逐渐逼上绝境并且歼灭。查出最后之作本次被抓是基于统括理事会的命令，使得一方通行下定决心与学园都市为敌，为了拯救最后之作不择手段，再度踏入“黑暗”的世界。另一方面，与最后之作分散的上条，在寻找她的时候再度遇见前方之风，原本以为会再度展开激战，前方之风却感受到某种状况，离开现场想要查明原因。为了封锁前方之风的魔法，亚雷斯塔操纵御坂网路，布设虚数学区·五行机关。释放耀眼光芒的某处出现无数翅膀，并且出现巨大“天使”的身影。

魔法禁书目录Ⅱ全集大结局：第22话 天谴术式

　　为了拯救最后之作，一方通行与“矢量操作”不管用的敌人――木原展开一场绝望的决斗。项圈电池没电之后，一方通行不只是失去能力，甚至没办法好好站稳，即使如此，他还是拼命缠著木原不放……由于虚数学区·五行机关正式启动，风斩冰华被迫牺牲，为了拯救这名“朋友”，上条挡住“神之右席”前方之风的去路。察觉到风斩也在战斗，使得上条的拳头握得更紧了。此外，茵蒂克丝也为了让风斩恢复原状，动用所有知识试著解决问题。抵达“核心”的她为了拯救最后之作、风斩以及学园都市，开始进行自己的本分――也就是祈祷。

魔法禁书目录Ⅱ全集大结局：第23话 开战前

　　前方之风入侵学园都市引发的一连串骚动终于解决，上条也回到一如往常的平凡生活。忙着准备和同学交换便当菜色、结标住进小萌老师家，全班加上茵蒂克丝一起举办寿喜锅派对，大家看起来都在享受着青春。然而世界各地开始对学园都市进行示威和抗议活动，在这样的局势之下，学园都市很有可能与各大势力开战，家长们担心学生的安危，开始要求将子女带离学园都市，上条认为自己是本次事件的核心人物而感到烦恼。另一方面，与学园都市台面下的组织进行交易，将自己卖给黑暗的一方通行，受命进行某项任务。

魔法禁书目录Ⅱ全集大结局：第24话 武装集团

　　世界各地接连出现反对科学的示威和抗议活动，使得学园都市的立场更加不利，在紧张的世界局势之中，学园都市再度面对一项威胁，那就是喝醉之后看到人就死缠着不放的御坂美铃，这简直是一种众人皆会受害的恐怖攻击。第一名牺牲者，是对美铃长相感到面熟，学园都市最强的能力者。后来受害者逐渐增加，继无辜的计程车司机之后受害的上条当麻，不只受到酒味袭击，还得承受茵蒂克丝的怒火。好不容易逃离危机的第一名牺牲者――一方通行，从学园都市上层得到某项情报，使得闹剧到此为止，为了保护生命受到威胁的御坂美铃，战斗即将开始。

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