《神奇宝贝超世代/超世代AG》分集简介第1-192全集大结局
小遥的弟弟小胜也跟着他们旅行，还带着神奇宝贝导航仪。
不过，因为小胜年龄不足10岁，所以没有神奇宝贝。他是小智的其中一位顾问，也就是上一部的另一位主角，小刚也在此系列的开端回来。
小智与小刚都以新装登场，小智没有戴着旧帽子，且穿着完全不同的新行装，并且上一代女主角小霞在AG中客串登场时，也穿着新装。
分别
超世代系列的程式与无印篇分别比较大。在关都与城都地方，小智有遇见又收服到那地区的三只初学者神奇宝贝。但在此系列中，小智收服到的初学者神奇宝贝只有木守宫。加之和橘子群岛与城都地方不似，小智把他所收服的神奇宝贝留在大木博士的研究所，只打算带着皮卡丘。另外，在这系列，小智也没有主要的劲敌。系列首播于2002年11月21日，最终集播出于2006年9月14日。完整的标题列表请参考下面的动画目录。
剧情缩微
故事的主角是一个名叫小智的男孩，原本与母亲一起住在真新镇，但小智为了要成为一流的神奇宝贝训练家，而踏上修行的旅程。《神奇宝贝OP》结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为有事和小智分离了。 小智和好友小霞、小刚分离，为了找回刚刚开始冒险时的感觉，只带上了最先获得的神奇宝贝——皮卡丘，来到了丰缘地方（原为芳缘，但经任天堂意见改为丰缘），但是在到丰缘地方的途中，皮卡丘遭到了火箭队的强大磁力攻击，变得异常奇怪。小智赶忙来到了未白镇上的小田卷博士的研究所求助，在那里遇到了刚刚成为新人训练家的小遥……故事再次展开…….
动画《神奇宝贝超世代/超世代AG》分集剧情介绍：
神奇宝贝超世代/超世代AG剧情介绍：第276集 新的大地！新的冒险！！
以神奇宝贝大师为目标，小智与皮卡丘来到未知的新天地--丰缘地方旅行。然而皮卡丘的状况却不大对劲。为了让发高烧呻吟不止的皮卡丘得到治疗，小智与芳缘地方出名的神奇宝贝博士，小田卷博士取得连络。原来皮卡丘是受到之前火箭队的攻击影响，体内累积大量的电气，再恶化下去搞不好会发生爆炸。於是吸取皮卡丘体内的电气治疗马上展开，但是皮卡丘太过庞大的电气能量却引发机械发生爆炸！意识不清的皮卡丘就这样逃到外面。小智与小田卷博士也马上紧追上去…。差不多这时候，住在丰缘地方的小遥正踩单车往小田卷博士的方向来，打算拿最初的神奇宝贝以踏上神奇宝贝训练家之旅。个性开朗、活蹦乱跳的小遥一知道博士不在研究所，也马上追了出去。到底逃出研究所的皮卡丘是否营安无事？！小智要怎样克服在新天地突然遭逢的危机呢？