《机甲兽神第2部》分集剧情介绍（第1-26全集）大结局
那边厢，凌义与凌浩激战，不堪重击之下，啸海帝鳄能量竟全数耗尽，再也不能战斗。而嘉静、希阳承受着凌浩的不断猛攻，两人危在旦夕。一旁的凌义只能眼白白地看着两人承受攻击，却无能为力，不禁心急如焚！
《机甲兽神第2部》剧情介绍：第39集 未知的对手
啸海帝鳄能量耗尽，飞翼武者和象影神兵又消失了，嗜血天蝎似乎已经赢定了。正当凌浩要将嘉静和希阳了结之际，凌义突然爆发出水元素能量，啸海帝鳄竟再次复活，且升级成为了圣光神鳄。为了保护同伴，以及拯救沙砾市，凌义选择了大义灭亲，决心打败凌浩。最终，凌义驾驶圣光神鳄，将嗜血天蝎和吸收装置一并毁灭了，阻止了沙砾市的危机。那边，基洛为了救延羽而牺牲了赤焰战虎，延羽悲愤不已！对战之际，无双龙神渐不敌地狱猎豚，眼见无双龙神即将从基洛身上碾压而过，为了保护基洛，延羽终于使出了暴龙怒吼，将毕胜打败！至此，沙砾市终于恢复和平，灵土矿石再次沉睡于地底……与此同时，邪灵组织内部，最强的机甲——末日战神竟然被一个神秘人偷走了！
得知延博士几人失踪的消息，延羽众人决定告别酋长返回金波城，途中，延羽几人突然受到袭击，此时方见赫然出现在众人面前的是一辆从未见过的新型机甲，而更令人惊讶的是，与这辆新型机甲战斗的竟是铁角犀骑！！！
《机甲兽神第2部》剧情介绍：第40集 灵狮化石
延羽一众人启程返回故乡金波城，途中遇到受到邪灵组织攻击的少年向荣。眼见少年驾驶的末日战神渐不敌邪恶的铁角犀骑，延羽五人出手相助救下向荣，不料向荣却在战斗中趁机逃掉。
延羽五人进入金波城，这时发现基洛因为失去机甲一事暗自伤神，延羽、希阳为帮基洛修复基因手镯闹至笑话百出。同时一众人亦决定兵分两路，前去寻找延博士、林木博士的下落。
延羽、希阳二人回到家中，希望发现一些关于延博士的线索，却发现家里被人入侵，此人竟是被延羽一众人救下的向荣！在一场打闹之下，延羽、希阳发现向荣虽然驾驶着强大的末日战神却无意与他们为敌！与此同时，嘉静、凌义、基洛三人来到林木的研究所，却发现入口已被邪灵毁坏。几人在凌义的指示之下由另一条路进入研究所，不料误中林木设下的陷阱。原来林木早已被邪灵组织捉走，危急之下设下陷阱是为了通知嘉静一众人，邪灵组织为了研制出最强的机甲正在寻找一块灵狮的古化石！
《机甲兽神第2部》剧情介绍：第41集 黄金圣杯
延羽根据向荣爱吃香蕉的特点在香蕉发布会现场发现了向荣，二人为争夺最后一把香蕉大打出手之时，罗煞已发现向荣的下落追踪而来。危险之际，向荣召唤出末日战神与延羽、希阳二人合力解救了发布会的群众。
延羽、嘉静五人再次汇合，得知两位博士失踪与化石情况。且在众人的威逼之下，向荣道出两位博士被邪灵所捉，是因为邪灵要找出金波城的能源石——黄金圣杯的消息。一众人为了阻止邪灵行动，决定再次兵分两路。