延羽、希阳、向荣为寻找黄金圣杯，前去拜访延、林博士的老师——达尔文，却想不到达尔文因为心爱的宠物被机械害死，不但不表露身份，还偷走延羽几人的召唤器。不料这时候邪灵组织的罗煞出现，千均一发之际，被延羽一众人所救，并因此感化了达尔文。

　　另一边，嘉静、凌义、基洛三人根据林木博士的指示前去寻找灵狮化石，在开采机械人罗密欧的帮助下终于发现了化石，这时却突然遭到邪灵的袭击，基洛利用灵狮化石成功召唤出来的烈火灵狮也在战斗中消失。一众人决定立刻赶回研究所研制烈火灵狮，却不料途中遇到邪灵的埋伏，危险之际延羽众人出现相助，烈火灵狮亦在争分夺秒之下被研制出来，并成功击退了敌人！

　　就在此时达尔文却告诉一众人金波城早已没有了能源石——黄金圣杯，众人感觉救父无望之时，达尔文却发现了延、林博士发射出的求救信号，二人正被囚禁在邪灵的空中堡垒之中。经过一场危险的潜入战，众人终于救出了两位博士，向荣却因为帮助延羽一众人逃脱而被邪灵捉住，而此时，一众人方发现向荣竟是邪灵统帅希特的儿子！

　　延、林两博士被救出后得知金波城已没有能源石一事后，决定要先邪灵一步找出支撑着整个金波城运作的‘中枢计算机’。不料这一切被罗煞全部监听到！罗煞并借此机会杀害了希特，并以希特为延羽众人所杀为由令向荣归顺邪灵。

　　与此同时，延羽众人得知邪灵以得到中枢计算机下落之后，紧急前往阻止，却不料面对强大的邪灵势力及向荣的百般阻拦，不但机甲损害，凌义更因此牺牲了自己的机甲令延羽得以进化成合体机甲！

　　带着不惜一切都要阻止邪灵统治世界的决心，一众人重振士气再次朝已被邪灵控制的中枢塔出发。嘉静、希阳、基洛以调虎离山之计令延羽成功潜进中枢塔。顺利进入塔内的延羽却重遇罗煞，危急之际，向荣出现，原来向荣一直留守在邪灵就是为了找出中枢计算机趁机将邪灵一举歼灭！却不料，中枢计算机的能量仍被逆转，世界渐渐开始机械化，罗煞更因此令所驾驶的末日战神力量加强，眼看延羽渐不敌之际，凌义竟突然出现，救下了一众人。集合了延羽、凌义、嘉静、希阳、基洛的五大元素能量，终于将罗煞击败！

　　却不料中枢计算机并没因此被停止，世界仍持续机械化，唯一的办法就是利用机甲召唤器中的陨石能量！经过一番痛苦挣扎，五人终于明白机甲兽神最终的使命是守护这个世界，五人决定忍痛挥别机甲！

　　机械化能量渐渐消散，世界再次恢复了和平。

动画片《机甲兽神第2部》分集剧情介绍：

《机甲兽神第2部》分集介绍：第27集　真假五勇者

　　在炎部落，延羽五人与邪灵组织大战一场后，终于获得了短暂的平静，在金波城过着幸福、和平的日子。嘉静总算可以与林博士继续他们的球赛，希阳则领着凌义、基洛两人尝遍了城中的所有美食，而延羽一家也终于可以团聚了！可是快乐总是短暂的……

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