这个大坏蛋就是龟王，他在幕末的宗教迫害中失去父母，流落他国，他对日本痛恨不已，并把这种憎恨带到明治时代，他决心利用外国的军队和炮舰摧毁日本，他看中了天草在群众中的至高无上的地位，胡乱编写了一本预言，并说是天草写的，书中极力丑化维新政府，要求人们起来反抗，建立一个天主教的社会。另一方面，他疯狂扩军备战，四处制造动乱。天草这时还认为用外部势力要挟政府，可以使政府承认天主教的合法地位，于是对龟王的作为置之不理。天草开始了复仇计划，到京都暗杀了几位政要，以吸引政府的注意力。

　　后来不知怎的，连师傅也杀死了，在京都时天草的妹妹遇到佐之助，两人发生严重冲突，其实是一见钟情，玛莉娜还把护身符送给了佐之助（玛莉娜确实挺漂亮的，人品也很好）。

　　动乱越来越严重，剑心决定前去调查，天草认为剑心是政府的走狗，两人展开生死决斗，天草将一腔怨恨都用剑发泄出来，将飞天御剑流发挥得淋漓尽致，并使出自创的飞天御剑流奥义----雷龙闪，将剑心双眼打瞎。与此同时，佐之助被狗追杀，与剑心失散，后被玛莉娜救起，但护身符丢失，佐之助决定不顾一切地去找，无意中竟然发现了龟王的卑劣企图……

　　葵屋的宫廷间谍们也来帮助剑心，并查到了天草的身世，剑心认为一个善良的人才有可能将飞天御剑流发挥至极点，于是他决定再去找天草。佐之助，玛丽娜和她的仆人庄三因为无意中发现了龟王的阴谋而身陷囹圄，危急之中，庄三用身体挡住巨石，此时，龟王的杀手又至，佐之助挺身而出，击倒对手，又将被困于巨石下的庄三救出。玛丽娜旧疾复发，痛苦不已，佐之助决定让庄三去将龟王的阴谋告诉天草长伍，而自己留下来照顾玛丽娜。临别前，佐将几个高能炸药交给庄三。途中，庄三不幸遇见龟王，两人交手，庄三不敌，重伤。但危急时刻“送”了几个炸药给龟王，可怜龟王还未看见自己的阴谋得逞便一命归西。而此刻玛丽娜的身体愈见虚弱。剑心等人恰好赶到，剑心语出惊人：“她必定是患了肺痨，佐之助你马上去找荷兰领事艾司登，他是名医，一定能医好，另外叫他出面制止政府军队的进攻。”（想不到天草长伍苦学医学十几年都不知道自己的妹妹患了什么病，而剑心一眼就看出来了。）

　　佐之助背上玛丽娜，日夜兼程，马不停蹄地赶往京都，途中克服无数艰难险阻，玛丽娜看见了佐之助真实善良的心， 看见他为自己如此操劳， 十分感动，说道：“佐之助，我要是早点认识你就好了。”两人终于找到了艾司登，佐将病人交给他，并将岛原的危急局势告诉他，不料艾司登的仆人竟然是龟王的手下，他忽然拔枪射击，千钧一发之际，玛丽娜推开艾司登，以血肉之躯挡住罪恶的子弹…。临死前玛丽娜将一封亲笔信交给佐之助，让他交给哥哥。两人互诉心声，深情凝视片刻后，玛丽娜最终魂归天国，佐之助抱着玛丽娜，泪水夺眶而出。艾司登深受感动，答应出面解决危机。

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