《魔法禁书目录》分集剧情简介第1-24全集大结局
身为LV0却打倒一方通行，使得上条一下子变成名人，因此理事会命令他在事情平息之前暂时离开学园都市。明明没有身分证，却不知为何可以顺利离开学园都市的茵蒂克丝，就这麼和上条一起来到了理事会安排的温泉旅馆「海神」，小萌老师也好意安排上条的家人与他会面。隔天早上，上条的父亲刀夜等人抵达旅馆……然而母亲诗菜却是茵蒂克丝，表妹乙姬则是美琴？
《魔法禁书目录》分集介绍：第16集 父亲-上条刀夜-
出现在上条面前的红衣修女名为米夏．克洛伊洁芙，所属单位是俄罗斯成教的『歼灭白书』。她之所以来到日本，是为了要寻找造成世界异象的大规模魔法『天使坠落』的源头。在同一时间，英国清教『必要之恶教会』的两名魔法师也现身了，而且其中一人是上条的同学土御门。
《魔法禁书目录》分集介绍：第17集 大天使-神之力-
如果要阻止大规模魔法『天使坠落』，就必须打倒术者或是破坏仪式现场。由於米夏出现一些可疑的行动，上条与土御门推测她就是术者，连忙追著她前往上条家。先行一步抵达上条家的两人，在家里看见刀夜的照片，赫然发现刀夜的外表并没有被替换，但是只有术者不会受到魔法的影响。
《魔法禁书目录》分集介绍：第18集 冒牌货-复制品-
暑假的最后一天，上条面对空白的暑假作业陷入苦战。另一方面，御坂美琴则是过著一如往常的生活。在照例出门要到便利商店看免费漫画的时候，一名男性在学校宿舍的门口等待著她。这名男性名为海原光贵，是常盤台中学理事长的儿子，最近老是缠著美琴不放。不想和这个人打交道的美琴，逮到凑巧路过的上条，要上条在今天假扮成她的男朋友逼海原死心。
《魔法禁书目录》分集介绍：第19集 最后之作-Last Order-
自从『绝对能力进化计画』失败──「一方通行」败给上条之後，每天都遭受到不良少年的袭击。某天，一方通行在买完东西回家的途中，出现一名披著破布的少女。她是「妹妹们」之一，编号20001的「最後之作」。她表示因为实验中止，自己的身体停留在成长途中的阶段，却没办法与研究员取得连络，就这麼擅自跟著一方通行回到家里。
《魔法禁书目录》分集介绍：第20集 最终信号-Virus Code-
「最后之作」是负责统管『御坂网路』的个体。一方通行前往『绝对能力进化计画』的研究员芳川桔梗面前，希望把「最後之作」还给研究所，然而芳川却说出「最後之作」目前面临的危机。由於她的脑中被写入某个命令，『妹妹们』将会在九月一日的凌晨失控，而且她已经被天井亚雄带走了。
《魔法禁书目录》分集介绍：第21集 真相不明-Counter Stop-
上条的漫长暑假终于结束，新的学期就此开始，寄住在小萌老师家的姬神秋沙，以转学生的身分进入上条的班级。另一方面，负责看家的茵蒂克丝，察觉到上条没为她准备午尴沪咫j事实而来到学校，却被小萌老师赶了出去，即使因为迷路而进入曙U，茵蒂克丝也因为不会买嬷擐荍穭漟L策。後来一名神秘少女──风斩冰华出现在她的面前。