《漆黑的追迹者》剧情介绍
本剧场版首次把TV内容和剧场连接起来，其中包括黑暗骑士，灰原与组织重逢，镜头转向柯南和同学在帝丹小学的手工课泥塑，光彦捏的是甲虫，步美是月兔，而元太是鳗鱼 （像蛇），柯南是海豚…… 深夜，一个黑影分别侵入了帝丹高中以及帝丹小学，这就是那个间谍，因为他了解了柯南的资料和一些故事后产生怀疑，拿走了海豚泥塑上的鳍和黑衣骑士的戏服，对比了海豚鳍上的柯南的指纹以及黑衣骑士演剧的头盔上工藤新一的指纹，结果发现98%一致！此时镜头转向小兰打碎了柯南的饭碗，似乎暗示了什么厄运...... 此后嫌疑人锁定无关人物，抓捕过程中又是那个群马警部提早亮出了警官证导致抓捕一度失败，嫌疑人的女友紧张下以刀威胁警察要放了他男友，并用刀刺向上原由衣（虎田由衣）刑警（剧场版首次登场，大和敢助警官的青梅竹马（见TV516-517风林火山）），这时候目暮警官挡下了那一刀，（也就是预告片了的那段），并非是被黑暗组织的人刺杀，嫌疑犯本人则劫持人质，而那人质是苦艾酒装扮的，之后柯南偷偷跟到了地下停车场揭露她的身份，理由是追踪眼镜看到她左裤筒里有手枪形状的痕迹，并且被刀划伤的左脸没有流血。至于苦艾酒为什么故意被劫持，我就留个谜底吧，苦艾酒给了柯南的提示是组织的另外一个人，Irish，即那个警视厅间谍……Irish是组织新人。
镜头转向关西的京都和大阪，柯南给服部电话，要他调查那个京都宾馆火灾事件，可是和叶在旁边吓了服部一跳，于是在窗边接电话的服部险些从3楼掉下去摔死 预告片中虽然黑暗组织的狙击手瞄准了佐藤和高木的头，但是打的却是汽车轮胎，他们还没那么傻直接和警视厅对着干，只是制造事故拖延时间，之后佐藤开始怀疑警视厅内有间谍，因为他们的行动路线被掌握（基安蒂说：“一个郎才”（高木），科恩说：“一个女貌”（佐藤））（13剧场版佐藤和高木总是在一起，连目暮警官分配任务也是，目暮警官是不是故意的呢？） 注明：这里的真相请看原片 真正的嫌疑人是一个男人，姓水谷，女友叫奈奈，死于一起宾馆火灾事件，至于事件和复仇理由我也留作谜底，本来是7张麻将牌，但是听到有人说真正的嫌疑人水谷说到8个人不能原谅时候明白了。
毛利小五郎虽然开始推理错误，但是后期和笨蛋刑警在群马山野观看北斗七星时得到启发，成功推理了一些脉络。
警视厅一行向东京塔奔袭。
而博士那边接连发现身上贴有交叉封印的甲虫，少年侦探队的小朋友们认为这是求救，于是到了第一次目击甲虫的地点，（这时候回忆预告片，那时候少年侦探队3个真正的小学生似乎被袭击了惊讶的惨叫），但是事实上那是博士不放心他们被灰原劝说来到了树林的突然出现吓到了步美等人，在那里发现一个小屋，但是亮着灯，里面闪过拿手枪的人的身影，于是博士给高木和佐藤电话，高木佐藤时改道去了米花之森，森林入口闪过一辆摩托车，不是别人的，正是苦艾酒的车子，而那个屋子里闪过的拿枪的影子……