《游戏王GX》分集剧情介绍第1-39全集大结局

　　第二年(2年级)

　　三幻魔事件结束后，前田隼人成为游戏设计者，恺撒成为职业决斗者，相继离开战斗游戏学院。不过有迪拉诺剑山等厉害的新生入学，还有爱德·菲尼克斯、斋王琢磨等极为厉害的角色故意装成新生进入决斗学院。

　　被爱德击败的游城十代和丸藤亮受到“光之波动”的影响。无法决斗的游城十代遇到了来自新空间的使者，找回了对决斗的热忱与兴致。另一方面，连败中的恺撒接触到地下决斗，在那重生为地狱恺撒。同时，万丈目准、天上院明日香、三泽大地等人也相继被“光之波动”所侵蚀，欧贝利斯克克·蓝宿舍变成了光之结社的据点。

　　到童实野町修学旅行的十代一行人，被迫接受斋王的妹妹美寿知的考验，并得知“光之波动”的真相。回到决斗学院的鲛岛校长宣布GX大赛开幕，这场原本要让学生和职业决斗者交流，进而提升学生决斗能力的活动，却意外成为牵扯到地球存亡的事件。

　　在最后的对决中，尽管爱徳召唤出了「命运英雄血魔-D」却还是败给了斋王，十代在之后立即向斋王挑战，成功打败了被“破灭之光”操控了的斋王，拯救了世界。另一方面，恢复正常的万丈目在GX大赛中不断获胜，击败了前来挑战的早乙女礼成为冠军，礼也因此进入决斗学院的奥西里斯·红。

　　第三年(3年级)

　　光之波动事件结束后，鲛岛校长为了提高学生的决斗水平，从决斗学院四所分院请来约翰·安德森、奥斯丁·欧布莱恩、吉姆·克劳戴尔·库克、阿蒙·加勒姆和眼镜蛇老师。

　　按照眼镜蛇老师的指导方针“公开决斗（Disclosure Duel）”，让学生戴着“Dis-belt”进行决斗，然而众人渐渐发觉事情不单纯，于是展开调查。但未能及时阻止，决斗学院被传送到异世界，突然来到异世界顿时让众人乱了头绪，还得对抗「尤贝尔」利用学生制造出来的僵尸，最后在两个世界的通力合作之下，成功的回到原来的世界。

　　为了救出迷失在异世界的约翰，十代等人再次前往异世界，在这里每场决斗都必须赌上性命。不断独自前进的游城十代，在同伴死亡和指责下，被内心黑暗吞噬成了「霸王十代」，因为吉姆和欧布莱恩的牺牲终于让他恢复正常，可是自责的他无法再使用融合。然而看到恺撒奋战的身影，让他获得前进的力量，克服心理障碍救回约翰，但这关系到12个次元的危机并未就此结束。