《数码宝贝第2部》分集剧情简介第1-50全集大结局
第二十三集 当D3暴龙机被污染之时
一乘寺贤躺在床上想以前的事，原来他以前有个哥哥叫一乘寺智，他非常聪明。有一次，暴龙机突然来到他家，哥哥就把它放在一边。小贤因为好奇而拿出来，就进了数码世界。回来后，哥哥很生气，勒令他以后不准拿。哥哥死后，小贤收到电子邮件，叫他不要为哥哥而自责，还叫他再次拿那个暴龙机。他来到了黑暗海边，使暴龙机变成黑暗D3暴龙机。想到这里，小贤醒来，并到了数码世界的初始城市，被幼年数码暴龙责骂，触动了自己善良的心。善良徽章发光，一个数码蛋也有响应。小贤走过去抱住那个蛋，虫虫兽的幼年期——绿叶兽诞生了。
第二十四集 大地装甲，战甲兽
伊织一直无法原谅一乘寺贤以前的所作所为，此时的小贤因为父母非常高兴而硬吃了很多饭。晚上，一个神秘的女子突然出现在小贤的房间里……第二天，在数码世界当V仔兽和巴达兽试图进化时都失败了，阿武怀疑是黑暗之塔的功能再次启动。突然伊织被身上无邪恶环和邪恶螺旋环的闪电球兽袭击，穿山兽适时进化成了战甲兽，大家觉得非常奇怪。后来，一只神秘的数码暴龙出现救下伊织并干掉了闪电球兽，原来他是由虫虫兽进化而来的。伊织通过这件事发现了一些东西……
第二十五集 天空骑士，亚古拉兽
在伊织危险时拯救他的谜之数码暴龙就是虫虫兽进化而成的飞虫兽。大辅相信小贤已经改过自身，努力地要令小贤成为同伴，但是小京等同伴的反应则很冷淡。大家内心的某处都仍然不太相信小贤。就在那时，在数码世界的美美传来了求救信号。突然出现的高力兽正开始要破坏水坝。为了阻止高力兽，小京他们立即出动前往数码世界。但是高力兽对小京他们零星的攻击无所畏惧。为了守护下游的镇一定要认真地攻击……就像小贤要消灭闪电球兽那样！不能打倒高力兽，也就不能守謢水霸，小京为此十分苦恼。小贤的到来使她终于领悟，麻鹰兽也进化成亚古拉兽，在大家合力下，终于打倒了高力兽。
第二十六集 合体进化，化敌为友
被小贤消灭的数码暴龙原来是由神秘女人利用黑暗之塔所变成的。小贤就以前作为暴龙改造者时的行为重新向孩子们道歉，但拒绝了大辅的邀请成为同伴而独自离去。他希望一力承担自己的罪孽……孩子们继续重建数码世界的工作，但对于逐渐明朗化的事实就不能整理好心情。但是那些追击他们的数码暴龙……新的危机正向数码世界迫近。原来是暴龙改造者的基地中的黑暗力量将会发生大爆炸！为了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大辅发E-mail叫小贤来，但是却没有回音。虽然伊织他们仍不能信任小贤，但大辅仍然继续等待小贤。最后他终于赶到，然后两个人的心互相重迭，奇迹的进化就发生了，V仔兽EX与飞虫兽合体进化成了完全体的机甲龙兽。