第16集 错误进化！丧尸暴龙兽

光子郎总结以往的进化，认为首先数码兽要有充足的体力，还有就是同伴遇到危险。太一便不停地给亚古兽喂东西吃。阿空说以前他能很冷静地观察周围，但现在却不是。众人来到一竞技场，被悟空兽关住，暴龙兽被迫与另一只暴龙兽角斗。由于吃太多东西发不出必杀技，暴龙兽被打倒。这时阿丈发现地上有纹卡的图案，并且变成了纹卡进入了读数器并且出现了通道。出来后，太一故意让自己处于险境，逼迫暴龙兽进化。纹卡终于发光，却发出黑色的光，暴龙兽黑暗进化成丧尸暴龙兽，失去理智地到处破坏。最终消耗了所有体力退化成滚球兽。

第17集 冒牌船长，巨鸡兽

加来老伯通过立体影象机告诉太一他们必须对数码精灵有正确的培育方法，否则会不正常进化。但他们不明白。他们上了一艘船。悟空兽的手下巨鸡兽将所有男孩捉起并将他们的数码精灵变成石头，然后去袭击正在洗澡的阿空和美美，但她们提前逃走了。巴多拉兽和仙人掌兽打败了巨鸡兽，救了所有人和数码兽。他们迅速逃走，巨鸡兽驾驶大船追他们。最后一个巨型仙人掌救了他们。而且那棵仙人掌开花，出现了美美的纹卡。但他们都很迷茫，不知道应该怎样去用。

第18集 妖精兽

一只古加兽出现并袭击太一他们，太一却不愿让亚古兽进化，后来小妖精兽将他们救了。小妖精兽带他们到他的结界并训练小朋友和数码暴龙们。晚上，阿和与光子郎出了结界发现了他们的纹卡，却被悟空兽发现并派巨龙兽袭击他们。太一和亚古兽经过妖精兽的特别训练而回复了进化的自信，亚古兽进化成暴龙兽并非常轻易地将巨龙兽打败。

第19集 地道里的分子兽

光子郎接到一封邮件，并根据邮件找到了阿武的纹卡。而且在那个山洞里发现了一些文字记载，光子郎分析了那些文字，总结出数码世界是在现实世界的网络的基础上建立的世界。所有事物都由数据组成。这令太一认为即使数码世界的自己死了，现实世界的自己也没事。众人潜入悟空兽的基地救邮件的发出者，发现是分子兽。当大家救出分子兽时，他告诉大家他只是为报复悟空兽并抓走阿空和比丘兽。当太一想不顾一切救回阿空时，光子郎告诉他如果在这里死的话在现实世界也会死。太一只好目送阿空被抓走。

第20集 完全体进化机械暴龙兽

太一和光子郎从暗道跟踪分子兽。最终太一鼓足勇气战胜死亡威胁，他的勇气令纹卡发光。他找到想复制阿空并用找到的阿空的纹卡来令比丘兽进化的分子兽。当两人逃出后，分子兽想与悟空兽同归于尽将他拖到暗黑网络中，结果令悟空兽和暗黑网络结合。太一用无比的勇气令纹卡发出光芒，最终令暴龙兽进化成机械暴龙兽，打败了悟空兽。但同时出现的时空扭曲使太一和滚球兽回到了现实世界。

第21集 滚球兽在东京

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