《最后的99天》分集剧情介绍（21-32全集）大结局
此时这一切肖昆他们完全不知。在肖昆的积极努力下，何三顺决定起义，用自己当舰长的国民党军舰“海达”号送储汉君等民主人士秘密逃离香港，北上大连，曲线进京参加新政协会议。
然而一个舰艇的起义不是一个人说了算的，为了防止消息扩散，何三顺想先撒谎骗过大家，待船离开香港之后再宣布起义。肖昆思来想去，认为必须在起义之前有足够的把握，必须保证船上所有民主人士的生命安全没有危险。
何三顺说三副也是徐杰生的旧日部下，非常可靠，大副争取的把握较大，二副不可靠。肖昆反复观察了解了舰艇大副二副三副，决定离港之前必须把争取工作做扎实。肖昆决定必须与舰艇上最重要的角色大副面谈，何三顺单独约大副与肖昆面谈，经过争取，大副终于同意起义。
正在此时，舰艇接到命令，去台湾海峡附近的某地换防，何三顺决定利用这个机会中途改道起义，一切都有条不紊地按计划进行着。
章默美在随沈夺一路追杀储汉君到达香港后彻底看清国民党的真实面目，也深深的爱上了肖昆。当她知道肖昆就是上海地下党303时，她义无返顾的决定要帮助肖昆完成民主人士北上的计划。她这个心愿告诉已经与她情同姐妹的贾程程，并吐露了对肖昆的爱慕之情。
与此同时，储汉君彻底放下个人感情，在肖昆缜密安排下，在章默美的掩护下，储汉君韩如洁等民主人士随肖昆一同登上了即将起义的海达号舰艇，然而意想不到的事发生了。之前为让化了妆的民主人士顺利登上海达号，何三顺给船员放假半天，然而就在何三顺肖昆章默美带着储汉君和韩如洁等人刚登上舰艇，因为拉肚子没出去的二副突然出现在他们面前……
《最后的99天》分集介绍：第三十集
二副狐疑地看着储汉君和韩如洁，似乎并不相信何三顺的解释。眼看时间到了，船员们即将返回，情急之下何三顺掏出枪逼住二副，把二副锁进房间。
开船时间到了，表面上一切正常，笛声响起，舰艇顺利离港，肖昆何三顺和章默美的心才放下来。会议室里，何三顺告诉三副起义的决定，三副先是震惊，后欣然支持。大家在会议室商量下一步工作，就在这时，有汽油味传来，肖昆冲向屋门，才发现门已上锁，大副在门外告诉他们，一个小时之内，他们全部会葬身鱼腹……
火燃烧起来，大家慌了，肖昆让大家冷静下来。浓烟不断涌进，冷静的肖昆发现屋里少一个人，是章默美。特工出身的章默美十分机警，上船后她趁乱躲在暗处，当大副正挨个舱门点火时，章默美双手持枪从他后面出现，一枪击毙大副。火扑灭了，一场可怕的危机过去。
船开到公海之后，突然调头，向相反方向驶去，何三顺把所有水手召集到甲板上，宣布起义。没有任何准备的水手们一下子哗然，有人高兴有人愤怒，情况非常紧张。肖昆马上站出来，告诉大家，他保证船到大连之后，所有不愿意起义的水手都可以返回香港，他用自己的人格担保他们不会受到任何伤害。肖昆亲自释放了二副。