《重庆谍战》分集剧情介绍（1-33全集）大结局
扈渝雯进入秦敖的书房寻找线索，被秦敖发现，扈渝雯巧妙地掩饰过去。扈渝雯几次三番进入秦敖的秘密书房，引起了秦敖的怀疑。
扈渝雯不但给黑室传递着秦敖收发的密电，还不露痕迹地搞着破坏，给老吴和秦敖制造了许多麻烦。老吴要除掉扈渝雯，秦敖坚决袒护扈渝雯，不许老吴动她分毫。
秦敖的密电里出现许多关于SQ4的信息，但是雅德利无法破译出这种特殊密码。破译密码的关键就在秦敖的书房内，这需要扈渝雯花很多的时间去收集线索。扈渝雯频繁进出书房，秦敖确认了扈渝雯的目的，但他依旧不动声色。
丫鬟小蝶发现扈渝雯悄悄服着避孕药，这让秦敖更加痛苦。
《重庆谍战》分集介绍：第27集
扈渝雯受到老吴的严密监视，为了封锁扈渝雯传递消息，老吴杀害任何和扈渝雯有接触的人。由于遭到怀疑，扈渝雯的破译任务很难开展，陆涯设计引开秦敖给扈渝雯创造条件。
空袭的来临打乱了陆涯的计划，秦敖摆脱了陆涯，而此时的扈渝雯正在秦敖的书房里破译密码。
黑龙会的特务袭击了扈渝雯，千钧一发之际，一个蒙面人击毙了特务，挽救了扈渝雯。
日军的轰炸造成了“隧道大惨案”，秦敖心存不忍，老吴讽刺秦敖的妇人之仁。
《重庆谍战》分集介绍：第28集
在扈渝雯问题上，秦敖和老吴发生激烈的冲突。无奈于秦敖的袒护，老吴派出黑龙会特务绑架了扈渝雯。秦敖冲进黑龙会解救扈渝雯，被扈渝雯误伤。扈渝雯见身份暴露，向秦敖表示了对他的鄙夷和厌恶。
秦敖的坚持令老吴妥协，扈渝雯回到了秦敖的家，但她受到严密的监视，毫无自由。秦敖执着地爱着扈渝雯，但是扈渝雯无法原谅一个汉奸，对他冷颜相对。
老吴派手下暗杀扈渝雯，秦敖费尽心机保护着扈渝雯，不断和老吴带领的黑龙会发生冲突。
陆涯和卢嘉无意间发现老吴做实验的死猫，在和特务冲突的过程中，卢嘉感染了死猫身上的病毒。秦敖告诉卢嘉，感染了SQ4的他已经活不过今天了。
《重庆谍战》分集介绍：第29集
卢嘉和家里人静静诀别，在他毒发的时候，为了减少他的痛苦，秦敖亲手结束了他的生命。春晓对秦敖杀掉敬爱他的卢嘉感到十分愤怒，正当春晓想要处决秦敖，卢嘉的父亲卢躬庶派陆涯接走了秦敖。
原来秦敖一直和国民党高官卢躬庶有着联络，他已经洗心革面，利用自己的身份打入日本人内部。秦敖探清了日本人的SQ4计划：日本人要从欧斯特手中购买有很强感染力SQ4进行病毒战。黑室的当务之急是阻止日本人和欧斯特完成交易。
日本人郭仲衡是隐藏在国民党高层的内奸，他发现自己已经被卢躬庶怀疑，便策划了“刺卢行动”，绑架了卢躬庶，审问他谁是泄露SQ4计划的“内鬼”。卢躬庶宁死不屈，保护着秦敖的身份，被黑龙会残忍杀害。