《密令1949》分集剧情介绍（1-22全集）大结局
史仲良就是因为发现了苏小雅的特务行动很难过，苏小雅答应跟他去教堂忏悔，在路上将他杀害后埋在教堂树林里的。
苏小雅的父亲苏云轩表面上不问政治，待人冷淡，其实他抗战时期就利用自己的各种关系为八路军购买各种禁运物资。他发现秀子偷盗了图纸后，悄悄用假图纸换走了国民党特务急需的图纸并将其主要数据用暗号记录在自己的小本子上，但秀子死后，他不断接到恐吓，如果他揭露真相并帮助公安人员，特务将会加害全家，苏云轩为了保护两个女儿才一直犹豫，他所以反对女儿和焦志新来往，也是考虑到秀子的特殊原因怕会连累焦志新。经过斗争，他还是决定配合公安人员根据他当年所记录的数据，重新绘制出北京重点古建筑的结构，为公安人员寻找有关的地道、暗室提供资料。
苏小雅在偷偷拍摄苏云轩的图纸时被父亲发现，为了完成计划，她不惜对准父亲开枪。原来她就是美国中央情报局派遣的代号为“大少爷”的“黑蟒行动”主要执行人。她的唯一上级是代号为“毒蝎”的负责人，但“毒蝎”只和佐藤单线联系，连苏小雅几次要求见面都没同意。苏小雅根据“毒蝎”命令，组织美国中央情报局和国民党军统特务组织准备启动“黑蟒行动”。
随着时间的推移，破案工作越来越艰巨。每当我方准备采取行动时敌方总是抢先一步，有时甚至将准备向我方提供情报的人员秘密杀害。在一次执行任务时公安人员杜庆元又遭郑贤治暗杀，章少川早就怀疑我方有内奸，根据内部掌握的资料已经开始怀疑郑贤治，但没找到确切证据，关键时刻章少川接到我方潜入敌人内部情报人员送来消息证实了郑贤治的特务身份，但在抓捕郑贤治时他持枪反抗，被当场击毙。
郑贤治的死在特务内部引起恐慌，他们行动变得更加隐蔽。
一次焦志新和杨柳执行任务去特务聚会地点取情报时，焦志新突然在特务人群中发现了冯秉堃，焦志新不顾出发前上级规定不准打草惊蛇的指示，决心当场抓获冯秉堃。两人经过反复较量，焦志新终于在杨柳帮助下抓住了冯秉堃，焦志新将冯秉堃押送回公安局审讯。未料，章少川得知消息后大怒，命令焦志新立即停止审讯一切等他亲自处理。章少川赶来后才向焦志新宣布：冯秉堃是我方打入敌人内部的一下特工。焦志新简直无法相信当年亲手逮捕自己并执行枪决的会是自己同志，章少川告诉他当年宪兵队已经下达了焦志新如果拒捕就当场击毙的命令，冯秉堃(周伯勋)才抢先抓到他。冯秉堃是个“百步穿杨”的神枪手，
在执行枪决时故意没有击中要害才使焦志新有机会死里逃生。
焦志新仍然无法相信当初向自己开枪的“敌人”会是自己的同志。尤其对冯秉堃为了取信敌人竟狠心用毒药药死林倩如总是耿耿于怀。但冯秉堃告诉他林倩如并没有死，在他下药前，组织上已经组织好医疗队伍，在监视他的特务离开后立即进行抢救，林倩如现在已经安全隐蔽起来，焦志新这才相信所发生的一切。