《太祖秘史》分集剧情介绍（1-46全集）大结局
东哥不愿意听从哥哥的安排，乔装准备去找努尔哈赤说出她的心声。努尔哈赤与敌人浴血奋战，但寡不敌众，就在危急时刻，舒尔哈齐带着叶赫援军赶到，击退了敌军。
都督府努尔哈赤设宴与舒尔哈齐金台吉庆祝胜利。叶赫的五千骑兵吓退了尼堪外兰的蒙古援兵。努尔哈赤向舒尔哈齐表示谢意，承诺将来要让他做副都督。
努尔哈赤突然问舒尔哈齐有没有替他向东哥求婚，舒尔哈齐只好点头，金台吉说要努尔哈赤下正式的聘书才可以迎娶他的妹妹。努尔哈赤兴奋地表示同意。金台吉劝舒尔哈齐立即取代努尔哈赤，舒尔哈齐当即拒绝，舒尔哈齐认为胸怀坦荡的努尔哈赤绝对不会像狡猾的纳林，二人争执不休，开始比武，中途他们却又扔下兵器抱头痛哭。努尔哈赤已经得到二品都督的位置，但仍然要儿子去做人质，与佟佳氏争吵，努尔哈赤质问佟佳氏是要儿子还是要他，佟佳氏愤然说要儿子。这句话深深伤害了努尔哈赤。
舒尔哈齐来找努尔哈赤，舒尔哈齐听着哥哥的大志不由得肃然起敬，决定要全力以赴帮助哥哥实现宏图大志，当即拿出和约，努尔哈赤看了以后非常高兴，立刻准备聘礼。
东哥在建州城外，遇到了哥哥金台吉，金台吉将舒尔哈齐的表现告诉东哥，东哥却坚信努尔哈赤会成全了自己。
努尔哈赤如愿接到了皇帝的诏书，设宴款待李成梁，席间提起褚英，努尔哈赤会意，舒尔哈齐却与李成梁争辩，最终李成梁答应两年后放回褚英。努尔哈赤将褚英交给了李成梁。
《太祖秘史》分集介绍：第6集（转载请注明： 九悦网剧情频道 juqing.jyuew.com 电视节目表）
东哥见到努尔哈赤，明白努尔哈赤对他一往情深，她一时不好开口让努尔哈赤成全了自己和舒尔哈齐。东哥见到舒尔哈齐两人面面相觑，努尔哈赤声称要处理公务离开，他却没走而是在窗下观察着他们的动静。他被东哥和舒尔哈齐的话感动。东哥的丫头兴尼娅说出金台吉要帮助舒尔哈齐做都督。窗外努尔哈赤神情木然离去。而后，东哥和舒尔哈齐出了都督府，骑马离去。
努尔哈赤疑心舒尔哈齐会取代自己，决定要放弃弟弟。佟佳氏和佟家五兄弟请求努尔哈赤找回舒尔哈齐，努尔哈赤勉强同意，佟家五兄弟分头去找舒尔哈齐。但此时努尔哈赤对舒尔哈齐已有戒备，在他心里只有得到东哥才是对自己最重要的。
佟家兄弟追上舒尔哈齐，告诉舒尔哈齐努尔哈赤已经同意了他和东哥的婚事，舒尔哈齐大喜和东哥海誓山盟，并准备迎娶东哥，东哥表示自己要和金台吉说服纳林，等着舒尔哈齐来迎娶自己。
舒尔哈齐回到都督府向哥哥坦白一切，努尔哈赤坦诚地将官印和权位交给舒尔哈齐，要他做都督，然后迎娶东哥，并要求他做统一女真的英雄，自己会一直辅佐他左右，舒尔哈齐被感动得泪流满面，不知所措。