《太祖秘史》分集剧情介绍（1-46全集）大结局
努尔哈赤加紧操练新军，出兵乌拉。孟古来找佟佳氏让她劝说努尔哈赤不要攻打乌拉。佟佳氏告诉孟古，努尔哈赤打乌拉不全是因为东哥，他为了使女真各部不再互相残杀，只有统一女真各部，孟古听后拂袖离去。
阿巴亥强颜欢笑，布占泰心存不忍。翌日布占泰突然改变主意，他要带阿巴亥远走高飞。正在这时李如柏突然出现，告诉布占泰，努尔哈赤三天后攻打乌拉，李如柏让他与叶赫结盟。建州军队浴血奋战，乌拉与叶赫的士兵死伤惨重。突然有人来报，李如柏要见努尔哈赤。努见到他，他要求努尔哈赤停止战斗，要布占泰带着他的军队回乌拉去，金台吉带他的军队回叶赫，努尔哈赤愤然离开。
回到建州，他仍旧怒气未消。他对佟佳氏说他的身边出了奸细。佟佳氏去找那齐娅，让那齐娅去找李如柏，那齐娅断然拒绝。努尔哈赤要舒尔哈齐代替他去京城述职，并多带礼品，广交朝臣，让他帮李如柏完成当总兵的心愿，李如柏就不会再阻止女真内部的战争了。舒尔哈齐最终决定为了努尔哈赤，还是要把那齐娅送到李如柏那里。
《太祖秘史》分集介绍：第25集
李如柏给舒尔哈齐送行，舒尔哈齐将那齐娅交给李如柏，然后离去。饱受相思之苦的李如柏见到那齐娅不能控制，要那齐娅以身相许。那齐娅委婉拒绝，并告诉他如果女真内部非常混乱，朝廷肯定会惩罚他。努尔哈赤发现，哈达齐秘密的与叶赫的密探接头，抓住哈达齐审问，孟古把责任都揽在自己的身上，努尔哈赤雷霆大怒。
舒尔哈齐接回那齐娅，李如柏依旧对那齐娅依依不舍，这让舒尔哈齐醋意大发，他终于不能再容忍那齐娅的所作所为。孟古流着眼泪想着哥哥和姐姐，眼前闪现出种种和他们相处的画面。努尔哈赤静静地走到孟古窗前，眼前浮现出当年自己和孟古结婚的情景，顿时百感交集。
努尔哈赤、佟佳氏、和五兄弟开会讨论应该怎样处治孟古。五兄弟和佟佳氏都无能为力，孟古被押到刑场，努尔哈赤问孟古，如果纳林不死他算不算一个好丈夫。孟古告诉他，他是自己心目中的英雄。努尔哈赤要宽恕孟古，孟古不以为然，但她非常放心不下小皇太极，她抱住皇太极泪流满面。舒尔哈齐急忙赶回，认为应该给孟古一条生路，努尔哈赤最终放了孟古，孟古却依旧对努尔哈赤怀着深深的仇恨。
孟古告诉努尔哈赤，只要你不放过叶赫我就会恨你。努尔哈赤说她只要教育好小皇太极自己就满足了。孟古让他放心，他一定把儿子教育好。努尔哈赤下定决心，要忘掉东哥，他要干的大事太多了。兴妮娅与金台吉成婚，婚宴上一个神秘的妇人引起了兴妮娅的注意，兴妮娅跟踪而至，她惊讶地发现，眼前这个妇人，竟然就是东哥！
《太祖秘史》分集介绍：第26集
原来，东哥并没有死，东哥和布占泰结婚的当晚，她把门反锁起来，把油灯推倒在地，点燃了新房。她趁乱找了一匹马，逃出了贝勒府。东哥回到叶赫来到兴尼娅的住处，决心要等到努尔哈赤攻打叶赫的时候再出现，她不能让叶赫因为她而亡。