《大明医圣李时珍》分集介绍（1-47全集）大结局
嘉靖来到炼丹房，李行义和苌葶分别向皇上建言重修《本草》，嘉靖决定拔壹万两银子给李时珍启动编修《本草》工程。李时珍大喜，以为自己毕生愿望就要实现了。
《大明医圣李时珍》分集介绍： 第三十五集
李行义为了控制景王，给他服食成瘾的火麻仁丹药。一旦停服此药，景王便会发病，丑态百出。一次，正好让嘉靖见到，嘉靖对景王失去信心，于是赐湖广德安府为景王封地，让其病好后离京。李时珍奉皇命为景王治病，景王情绪失控，赶走了李时珍。景王一时冲动之下收买杀手谋害裕王，结果没能伤及裕王，却将同行的高拱剌成重伤。这引起了嘉靖的强烈不满。
李行义希望嘉靖的儿子们以及嘉靖父子之间自相残杀，现在他想毒死裕王然后嫁祸于景王，于是他去与严世蕃密商，利用裕王例行检查的机会，以治病为名从中下药，达到让裕王慢性中毒致死的目的。严世蕃不知李行义的诡计，他只是想毒死了裕王便保住了景王从而也就保住了自己，于是交待杨洪勤办理此事。
《大明医圣李时珍》分集介绍： 第三十六集
杨洪勤依计来给裕王查病，他把脉后告诉裕王已患风寒，开了“药方”。严世蕃担心李时珍发现杨洪勤“药方”里的秘密，决定对李时珍开刀。李行义得知后，找到李时珍劝他离开京城两年。李时珍心系重修《本草》大业，没有答应。
李时珍加紧查找资料，做好编修《本草》的准备工作。他常常废寝忘食，斯语默默照顾着他。
百珍斋老板丁冬强找到玉兰，告诉她黄一丰在妓院，玉兰找到黄大吵大闹。李时珍的两个儿子从书院回家途中被人邦票，索要二万两银子，黄、李两家拿出全部家当依然不够，这不禁让他们焦急万分。金基泰也赶来想办法救师傅的儿子。
《大明医圣李时珍》分集介绍： 第三十七集
黄一丰偷偷将十珍斋的牌子卖给丁冬强，可赎金还是不够。黄一丰和玉兰劝李时珍把修《本草》的一万两银子先拿出来赎儿子，可李时珍没有答应。
李时珍万般无奈，找到李行义帮忙，李行义让他不要着急，答应想办法。李行义找到锦衣卫的雷子哥出面查找，孩子很快救出。绑匪原是黄一丰结义的把兄弟张军。李时珍带着斯语来见李行义表示感谢。
李行义救孩子的事引起崔方的怀疑。李行义意识到李时珍必须尽快离开太医院，不然会影响自己的复仇大计。
《大明医圣李时珍》分集介绍： 第三十八集
李时珍的两个儿子虽然救回来了，但是他们还常常从睡梦中惊醒。这让斯语感到京城不是久呆之地。李行义找到斯语，让她劝李时珍赶快离开京城，不然孩子还会有危险。斯语下定决心带孩子们离开，李时珍坚持留下修《本草》，一家人含泪离散。
张惠妃和杨敬妃为了争宠斗得不可开交，张惠妃怀孕，杨敬妃心情狂燥，担心自已地位不保，找到李行义求助。李行义来到张惠妃府上，假装关心其饮食起居，设下圈套，并推荐李时珍为其把脉，以保胎儿安全。张惠妃对李行义的指点心存感激。