《神医将军》分集剧情介绍（1-33全集）大结局
丁五带着众女眷在战斗开始前就下山，但是满天红假借上厕所方便偷偷跑回山上，谁知半道上遇到脱逃的崔老黑，丁五为了掩护满天红身受重伤。王怀远等人及时赶到，救下受伤的满天红跟丁五，抓住了崔老黑。崔老黑最后被村民以及满天红等与之有深仇大恨的人们处死。
田麦穗劝说王怀远整顿队伍戒骄戒躁，改变对虎旗军的管理方式建造一支有理想的队伍，王怀远听不进劝说，两人吵了一架田麦穗带下了山。赵化民伤好之后，执意离开虎旗军，要去济南继续地下工作，临行前劝说王怀远，一定要把田麦穗给他说的话放在心上。
虎旗军在老鹰崮发展的已经略具规模，但是虎旗军内部开始出现一些问题。
首先是大片刀跟小芹菜，二人私定终身被发现，小芹菜的亲爹张疙瘩非常气愤，坚决反对二人结婚。
《神医将军》分集介绍：第二十一集
王怀远用了苦肉计，在张疙瘩面前假装杀了大片刀，张疙瘩略有后悔，最后终于被王怀远说服，同意二人成亲。王怀远自此认识到虎旗军人心要稳，让兄弟们能到年纪顺利成家也非常重要，决定给到了年纪的兄弟们找到合适的对象。
在这期间，满天红对王怀远的感情也更进一步，就在准备大片刀婚礼的过程中，赵化民顺利的把王怀远的两个儿子王百会王涌泉带回老鹰崮，王怀远非常高兴。
田德贵为了绞杀王怀远，向日军投诚，田麦穗与之彻底闹翻，离家出走，与赵化民接上头，奔赴前线参加抗战。
回来的王涌泉却敏感的察觉到了家人之间的变化，尤其是看到满天红俨然一幅虎旗军总指挥夫人的样子，就非常不高兴，处处找满天红的麻烦，终于在一次银杏为给王怀远上山采药受伤，王怀远训斥了银杏之后，王涌泉心疼银杏伤心，彻底爆发，与王怀远大吵一架，坚决反对他跟满天红的婚事，并且说出了银杏早年为了照顾他们兄弟俩失身的事，让众人都非常震惊。王怀远安排满天红和丁五下山建立情报点，亲自为二人做媒，恳求丁五一定要保护好满天红。二人下山后成亲住在老鹰崮下的金水城，但是与王怀远一直有联系，并随时带去金水城内关于日本人以及其对虎旗军行动的消息。
赵化民去见到王怀远，带去日本人已经侵华，占领济南的消息，王怀远跟赵化民商量如何反击自卫，王怀远答应赵化民帮忙运粮食，协助张自忠的五十九军共同抗击日军。虎旗军在运粮途中，与共产党的游击队相遇，田麦穗恰好是游击队的卫生队队长，但因为战斗紧张，一直没有见面。
《神医将军》分集介绍：第二十二集
田德贵投诚佐藤俊二，成了皇协军，在佐藤俊二指挥下，进攻金水。
虎旗军成功将粮食运到前线，只是战事紧急，五十九军病员困乏，调派不开，王怀远主动请缨，带领虎旗军替五十九军驻守刘官庄，打击日军。谁知这次的合作对象正是宋文清，宋文清不满王怀远，要保存自己的兵力，王怀远则不惜兵力与佐藤俊二的队伍正面对抗。