由于船政超支较多，沈葆桢奏请朝廷追加拨款，朝廷批准。沈顶住保守派压力，扩大造船厂，增加学堂，在合同期内共造各种兵船、商船15艘，为中国之最。

　　1874年5月，日本中将西乡从道下令路军少将谷干城、海军少将赤松则良率兵在台湾南端登陆。以强大的火力逼迫当地牡丹社投降，被打得狼狈后撤。由于汉奸的出卖，阿禄酋长不幸中弹牺牲。当地百姓化整为零，藏在密林中打击倭寇。1874年6月沈葆桢率领船政学堂的毕业生出兵台湾。沈到台后，确定了“驱倭抚番”的大计。他为安平炮台题写了“亿载金城”四个大字。就在沈葆桢一切部署完毕，等待向日寇发起致命一击时，收到了中日签订的《北京条约》，沈等官员悲痛万分。倭寇从台湾撤退后，沈葆桢制定了“开山抚番”的方针，开山修路，移风易俗，建设台湾、保卫台湾，逐渐实现了各民族的大融合。

　　为了学习西方各国的造船技术和驾船经验，朝廷批准船政学堂毕业生分别赴英、法等国学习。严崇光、刘步蟾等学成回国后都成为清政府海军骨干。

　　1884年7月法国远东舰队司令孤拔率领舰船闯入福建马尾港，利士比亲率四艘法舰驶往基隆，发起攻击。清政府急召刘铭传受命，加以巡抚全权督办台湾事务。刘铭传欣然受命，渡海抵达台湾，筹谋抗击法军，取得重大胜利。朝廷给于他们奖励。借口“基隆事件” 法国政府向清政府下达了最后通牒。8月23日下午法舰向中国军舰发动袭击，士兵临危不惧奋勇还击。由于李鸿章妥协退让，不许“轻言战事”，福建船政大臣何如璋不做戒备，还禁止军舰移动，使福建水师损失惨重。慈禧太后对马江之战11艘兵船损失和上千人伤亡的惨状伤感不已。面对法国人的嚣张气焰毅然决定对法宣战。授以左宗棠为钦差大臣，督办福建军务。孤拔命令利士比率八艘战舰向基隆发起猛攻，刘铭传作出“撤基援沪”决策，取得了有名的“沪尾大捷”。左宗棠率五千人马进入福建。他用明修栈道，暗渡陈仓的偷渡计，使援军安全抵台，在刘铭传指挥下粉碎了法国远东舰队侵台的梦想。孤拔亲率法远东舰队从基隆撤退后占领澎湖群岛身染赤痢去世。

　　左宗棠表示，为了让子孙后代永远不忘船政魂魄，一定要建造马江昭忠寺，将所有将士的英名刻碑留存。但当他看到屈辱的《中法会订越南条约》，气得顿时口吐鲜血，病逝福州。严复、詹天佑、邓世昌等船政学堂的毕业生及众乡亲为纪念马江之战建成昭忠祠，他们向烈士墓行大礼，祭奠烈士英魂。
 

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