《仁心解码2》分集剧情简介第1-25全集大结局
学礼现身 透露秘密
警方估计错误，学礼在投资股票赚钱後再无於生果摊出现，而尧祖检查银行帐户竟发现户口多了一笔巨额金钱。颂恩再次在街上遇见学礼，原欲跟踪他，结果却被发现而反跟踪，颂恩表明无意伤害他，才获得信任。
学礼坦言并无杀害芮之，只因芮之得悉世均骗财及存下证据而惹杀机，更知道芮之已复制备份在记忆棒。颂恩立即回夜总会的休息室找回记忆棒，和通知立仁找到世均的罪证。启荣推论指学礼发现盖亚教乃因自己的学术研究而起，欲亲自毁灭它而会对世均不利。
电视剧《仁心解码2》剧情分集介绍：第5集 - 世均发现 杀人真相
颂恩虽寻得芮之留下的记忆棒，但未来得及交给国彬，已被波带走。另一边厢，世均在伤癒出院后首次召开盖亚教公开的佈道大会，警方推想学礼可能出现，便加派人手赶到布道会现场。学礼果然出现更溷在教徒中，他打算趁机行刺世均，幸得国彬及时将他制服。
国彬已知颂恩寻得芮之留下的证据，便以世均有嫌疑而拘捕他。得知天兄被捕，一众盖亚教信徒竟于警局前聚集不散。
学礼自白 道出真相
慧翘说服学礼协助警方，终于令他说出一切真相，原来世均曾是学礼学生，故学礼后悔自己的学说竟製造出害人魔鬼。而芮之因为偶然发现学礼未出版的着作，便到医院找盖亚教的始创人「天公」。从芮之口中，学礼始知盖亚教的存在，于是他向芮之怒斥这只是骗局。而芮之在找到世均的犯罪证据后，不久便被杀。学礼明白自己留有桉底及曾患精神病，警方不会相信他，决定只能靠自己。
颂恩被波带去与社团老大棠吃夜宵，棠有感受警方扫荡，认为有人出卖组织，更怀疑颂恩，于是搜查她的物品。溷乱间颂恩辛苦找回的记忆棒被冲到沟渠，令警方失去证据指控世均。世均受警方盘问，但他知道警察根本毫无证据而获释，反而学礼却因伤人而被起诉。
立仁协助 颂恩舒压
经此事后，国彬已从别组队长得知颂恩身分，明白她有其他任务在身不能太深入调查。颂恩碍于卧底身分，积存压力甚大，甚至不能探望病重的神父。立仁接到颂恩来电，只有在电话安慰她，又教她运动跑步舒缓压力。
慧翘接到一宗新病症，女病人秀娟涉嫌因躁鬱性殴打丈夫，而躁鬱的源头是来自丈夫可发失业而承受生活压力。当秀娟住进院后，可发亦不敢进病房探望她，更独自躲于男厕饮泣。慧翘借此病症与启荣商讨，但她拖延时间延迟下班，目的竟是不想回家与男友相对，不欲被他逼使产子。
启荣失恋 淑宜被杀
启荣又再听到思家与男友通电话，知道她的男友可能是医生，马上与世邦和日勤倾诉，认为思家男友肯定是坏人不懂爱惜女友。
气象突然变得愈来愈反覆，而盖亚信徒在三号风球下仍在街上求神显神蹟。世均定下末日最后的期限，向信徒作出最后的骗术，称饮用圣水后便可乘坐方舟逃离末日。此时，在西环码头发现到淑宜的尸体，身上有十多处刀伤。