《飞龙在天》分集剧情介绍（31-40全集）大结局
玉红帮受伤的人疗伤，杜直和押运枪械的士兵回，飞龙察看，发现枪械不能用。大家气，提议退守算了，万里和飞龙不答应，就算没有军法的顾虑，也应攻击。玉红和飞龙相处最后一夜，谈着两人交往的种种欢笑、悲伤，最后无言的抱在一起，明秀看了难过，望着手中一叠遗书和信物，决定要用自己的死来挽救大家，友煌在明秀后面，发现她的神情怪怪的。明秀有心赴死，想前去炸毁敌方的火药库。友煌急询明秀的意图，明秀被迫说出计划，友煌二话不说，将明秀捆绑，准备替代明秀去。飞龙、玉洪闻声来，飞龙表示愿跟友煌一同前去，明秀震惊，玉红一脸坚定，她相信飞龙跟友煌会平安归来。
飞虎代表跟法军议和停兵，并献上黄金若干。飞虎正欲议和，却惊闻有民兵团进攻营区，飞虎解释无效，力抗众法军。情急之际，飞龙来救，两人逃出营区。
双方开火，友煌趁一片混乱潜近炮台，飞龙也带飞虎逃来此处。飞虎不领飞龙的情，飞龙怪飞虎置自家兄弟生死、百姓安危于不顾。
《飞龙在天》分集剧情：第37集
友煌登上炮台，装置好炸药，欲点燃。飞虎向前阻止，一掌将友煌击落海中，飞龙见状和飞虎大打出手，飞虎制止未果，炮台炸毁。台湾在军民合作之下击退法军，民兵团一行人回到艋甲受到热烈的欢迎，但万里、飞龙等人的心情确是沉重的，尤其是明秀。黄母、艳秋和惠娘也在人群之中，惠娘见飞龙无恙，碍于身份不便相认。
民兵团和飞虎所率领的军队狭路相逢。飞虎因暗中和法人议和的消息传艋甲，被人怀疑通敌卖国而受到大家的唾弃。永来斥飞虎沉不住气，谈和之事乃朝廷密旨，岂可公然谈论？飞虎不服，当初受旨办事，现在却成了卖国贼。永来表示不必心急，武馆的荣耀是暂时的，他会帮飞虎扳回一成，让大家知道真正通敌卖国的是武馆。飞虎出，黄母寻来，黄母伤心，为何大家都说飞虎卖国？路人向飞虎丢菜辱骂，黄母挺身挡，飞虎气极，将丢菜百姓赶走。黄母忧心飞虎未来，飞虎也感到沮丧。
万里作主将友煌牌位供于祠堂，交待择日将友煌衣物葬于衣冠坟，明秀哭倒。飞龙内疚未能保护友煌，天九起哄，都是李禄有心害民兵团送死，给了一批破铜烂铁，才连累友煌赴死。杜直自责自己运军火回来时太疏忽。
逢春、玉树将玉红揪回家，逢春气坏了，害他白白买了医药送给民兵团，更担心玉红有没有失节？玉红话带玄机，让逢春误以为玉红已经失节给飞龙了。逢春急交待玉树速办婚事，玉红惊喜。
刘铭传询问永来部份军火的下落，永来故意做出为难状，表示法军投降前一晚有一批军火移交民兵团，战胜后未交回，因为民兵团为台湾立功，不方便明办，只能暗查。刘铭传送“功在艋甲”匾额给武馆，众乡亲道贺，黄母也在其中沾光，飞虎躲在人群中，心有戚戚焉。