《法医X档案2》分集剧情介绍（1-20全集）大结局
忠信发现秀秀竟然目睹FRANCIS被杀，却懵然不知，心生离意，但罗院长晓以大意留之。学明发现可儿发高烧，马上送院，医生却告知可儿情况不佳，要学明带可儿到杰美尼亚医疗中心接受治疗。
在杰美尼亚，可儿差一点几就被罗院长发现，忠信告诫学明不要再来医疗中心，并表示自己会上门来看可儿，是夜，忠信偷偷到地下实验室去头紫桐素，想起当初是怎么放可儿和神秘少女离开这里的。可儿再次病发，忠信来到打了“紫桐素”，可儿即刻好起来，学明不禁起疑。
品瑜等人接到通知，发现其中一具死亡女尸，竟然又活生生入境，忙赶到酒店去调查。伍教授记起曾经在杰美尼亚看过BRYAN和罗院长，告知品瑜。品瑜决定去找罗院长谈一谈，罗院长在很合作的态度下交出FRANCIS的医疗报告，内容和真相根本不符合，品瑜对这个人更是怀疑。
星星到医疗中心当卧底，偷偷潜入忠信的会诊室，弄坏了模型飞机，秀秀进来看到，帮之顶罪，星星无意中发现遥控直升机，心里有了疑窦，回去告知品瑜，众人随之赶回学明家，发现忠信送可儿的模型直升机，肯定了忠信和整件事的关联。忠信再来偷紫桐素，却不知道已经被罗院长发现了！
《法医X档案2》分集介绍： 第8集
学明和品瑜装着闭路电视，暗中观察到忠信帮可儿打针，品瑜心急质问忠信，忠信表示自己绝不会伤害可儿，品瑜本要带忠信会警局，学明阻止，与品瑜吵了起来。
罗院长跟踪忠信，发现忠信医治可儿的秘密。罗院长质问忠信关于秀秀对他示爱的事，忠信沉着应对，罗院长要忠信离开，忠信答应，但要时间打点一下。罗院长老友来探望，见秀秀惊讶，忠信终于知道原来秀秀是罗院长亡妻的复制人。
星星潜进罗院长的书房，发现忠信也在调查罗院长，见忠信开电脑，发现罗院长用闭路电视偷窥秀秀，星星见忠信看到大学纪念册，惊见秀秀和罗院长亡妻长相一样。星星告知品瑜和国恩所查获的资料，大家开始怀疑觉复制人的出现，品瑜要国恩监视罗院长，而星星多留意忠信。
忠信来找秀秀，要秀秀瞒着罗院长和自己离开，秀秀答应。忠信到地下实验室偷紫桐素，星星跟入终被困。忠信再来帮可儿打针，可儿竟中毒而死，品瑜逼问忠信，却被罗院长带来的律师保释离开。罗院长假意和忠信谈判，其实派了杀手来暗杀忠信！
罗院长回家，见秀秀等候，秀秀表明不会嫁他，罗院长发狂拉着秀秀到地下实验室，要秀秀知道自己也是复制人，是自己复制来嫁给自己的。就在罗院长要霸王硬上弓时，品瑜、忠信等人赶到（原来之前，是品瑜救了忠信）。罗院长挟持秀秀要逃离，秀秀悲恸自刎……
幸秀秀没死，和忠信终走上教堂，时刻虽然短暂，但却受到品瑜等的祝福，忠信终要自己的罪行付出代价，秀秀表示自己一定会等候忠信的回来，这个时候，在牢房里，罗院长选择了自缢结束了生命。