《妙手仁心2》分集剧情介绍（1-40全集）大结局
守仁找至美做身体检查，并向他道出心底话。至美打破隔阂主动关心国柱，令他感欣慰。一少妇在美君的律师楼动笔签离婚书后跳楼自杀，美君目睹一切大受冲击，国柱上前安慰她。哥斯拉为替大佬报仇，一直偷偷跟踪美，但他却懵然不知。
《妙手仁心2》分集介绍：第三十四集 宁生遇袭
至美情绪低落，心妍将河马玩具送给至美，藉以鼓励他。急症室来了一位垂死的男童，经国柱锲而不舍抢救后终将他救回，众仁及敏智乘机游说他留下，不果。勇明怀念与宁生相处的日子，决定追回她，却不知怎开口，于是送花表心意。勇明等不到宁生的回复，借酒消愁，却因醉酒驾驶发生车祸受伤送院。孝齐感到国柱无意留任问众仁意见，众仁有信心能胜任国柱的职位。至美陪宁生购物，知她有意拉拢众仁及安生。美君主动告诉宁生勇明醉酒伤人的官司胜算甚高，宁生感激。宁生无意中发现勇明送给自己的心意卡，很是感动，前往探望他，不果。
哥斯拉到医院袭击至美，幸国柱及时出现，将他击退，当国柱发现至美并无受伤却身上有血时，怀疑还有其他受害者。安生在梯间发现宁生时，宁生已奄奄一息。而哥斯拉亦因堕楼受伤，被送进急症室，孝齐责备众仁只顾抢救宁生，众仁无奈协助至美抢救哥斯拉。勇明惊闻噩耗，赶至急症室刚好见宁生被送往深切治疗部，安生一反常理上前抢救哥斯拉。
《妙手仁心2》分集介绍：第三十五集 痛失至亲、挚爱
宁生危在旦夕，国柱为拯救她不惜违反手术正常程序，手术终告完成，但宁生仍未渡过危险期，安生陪伴在侧。宁生醒来，对勇明讲出心底话后离世，勇明伤心不已。至于哥斯拉则只受重伤，生命没有大碍。至美知宁生因自己而死，自责。勇明从宁生生前写给自己的鼓励信，知她的遗愿，决定重新站起来投入工作。各人因宁生突遭意外，心情沉重，但医院公关Yvonne一番话，令安生积极投入工作，一众担心不已。国柱再次请求辞职，孝齐以为他是因未按程序做手术而引疚辞职，国柱则表示除此以外还希望可多陪伴芬妮。美君探望芬妮，国柱才知她在美国时常照顾芬妮。至美将宁生之死归咎于自己，情绪久久未能平复，幸有心妍在旁安慰。国柱问朗平是否因自己而离开医院，朗平将感受说出，二人重又做朋友。
美君知芬妮想吃自己所煮的芝士?龙虾，决定为她完成心愿，可惜芬妮最终敌不过病魔，国柱目送她最后一程。国柱茫然地走到育婴房，发现安生躲在一角饮泣，忙上前安慰。安生、国柱、勇明及朗平等人骤失至亲及最好的朋友，均感难过。
《妙手仁心2》分集介绍：第三十六集 孝齐求婚成功
国柱见众仁处事积极，欲举荐他升任自己的职位，孝齐却有更好的提议。至美在研讨会上遇张家裕介绍无国界医生，才知他悄悄回港，并打算留港发展，填补国柱之空缺。敏智决定结婚，并弃医从商，孝齐对他作出正面鼓励，令他十分感动。家裕不知至美与国柱和，兴高采烈地找二人到旧日聚脚点聚旧，二人甚为拘谨。朗平见心妍紧张至美，说出自己的爱情观，心妍不以为然。安生从宁生的遗物中，才开始了解及懂得欣赏她，深感遗憾。安生与伊华皆感到对方需要一个伴儿，奈何身边出现的人选却未能为自己所接受。孝齐带雪芳到保龄球场玩耍后，大乐，孝齐乘机向她求婚，雪芳含蓄的回应令孝齐喜上眉梢。